Selenoprotein research
L'eFESec és el factor eucariota d'elongació especific de selenoproteïnes. La seva funció és ajudar en la traducció, formant un complex amb el Sec-tRNA, la SBP2 i el SECIS. Aquest complex s'uneix al ribosoma, de manera que la maquinària reconeix el codó UGA com a selenocisteïna, i no com a codó stop.
TblastN
El TblastN obtingut de llençar la eEFSec humana contra el genoma de P. marinusha donat el següent resultat:
Hem seleccionat el contig gi|126301090|gb|AAXJ01001415.1| per seguir amb l'estudi de eEFSec ja que és el que té un millor e-value. Per descarregar l'alineament prem aquí.
Predicció del eEFSec en P. marinus
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i ens ha donat els resultats que s'adjunten aquí .
La predicció peptídica i del cDNA s'ha realitzat amb el programa Genewise, i ha donat les següents prediccions:
Per veure el resultat del Genewise clica aquí
Alineament del eEFSec predit:
T-coffee Amb el programa T-coffee hem alineat la proteïna predita amb la proteïna de partida, en aquest cas l'eEFSec d'Homo sapiens:
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per l'eEFSec predit es pot veure aquí
Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos pel factor d'elongació eucariota específic de selenoproteïnes, podem concloure que l'eEFSec predit es correspon a aquest factor d'elongació específic ja que en l'alineament amb el T-coffee té un bon score, i el Blastcl3 té un bon e-value quan s'alinea amb altres eEFSec.
