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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SelU
Función: la función de los miembros de esta familia, es decir, de SelU1, SelU2 y SelU3, es desconocida.
Resultados
SelU1 Homo sapiens
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SelU1 en Homo sapiens en el Contig5284_contig1306_contig11886_contig11886:
LKDIPLAALDGKSSSTLSQVCEGRQGVVLSMLRRFGCVLCRDGAAQLSTIKSDLDALNVGLVGVAPEHLGQDEFTKD
GGYFKGDLFVDEPRTLY
SelU2 Homo sapiens
Tblastn
Menú SelU
SelU3 Homo sapiens
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SeU3 Homo sapiens en el Contig5284_contig1306_contig11886_contig11886:
VLSMLRRFGCVLCRDGAAQLSTIKSDLDALNVGLVGVAPEHLGQDEFTKDGGYFKGDLFVDEPRTLYTAL
Protein blast
Sólo se hacen los protein BLAST de los péptidos más largos, puesto que los hits en exactamente la misma región -en el mismo contig- no son más que una sola y única proteína
Péptido homólogo a SelU1 contra Homo sapiens
Péptido homólogo a SelU1 contra todos los organismos
Discusión
Como se comentó en el apartado de protein BLAST, solo tomamos en cuenta uno de los péptidos (el más largo) predichos por el GW, ya que ambos se encuentran en la misma región y codifican para la misma proteína. SelU2 no da una homología significativa.
Al hacer el protein BLAST en el NCBI se observa que este engloba nuestra secuencia dentro de la "Thioredoxin-like Superfamily" y de "PRX-like 2" cosa que da pistas sobre su hipotética función.
Cabe decir que la cisteína clave sí está conservada, y que si hacemos un protein BLAST en el NCBI con la secuencia íntegra de SelU1 de Homo sapiens contra Homo sapiens el resultado es el siguiente:
Por lo tanto, SelU1 no se encuentra en la base de datos, sino que en su lugar está identificada como hypothetical protein LOC84293. Este nombre aparece entre los primeros hits del protein BLAST del péptido homólogo a SelU1 contra Homo sapiens.
Hacemos un t_coffee con SelU1 y SelU3 humanas y nuestro péptido (el de homología con SelU1). Los resultados llevan a una conclusión similar a la de la familia de SelR: en Acanthamoeba castellanii solo tenemos un miembro de la familia de SelU, mientras que en Homo sapiens se dio una triplicación posterior a la especiación de ambas especies dando lugar a SelU1, SelU2 y SelU3.
Podemos concluir, no sin alguna duda, que hay un homólogo de la familia SelU en Acanthamoeba castellanii.