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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SelR
Función: la familia de la SelR engloba a selenoproteínas con Zn, con una función metionina sulfóxido-reductasa estéreo-específica.
Resultados
SelR1 (Homo sapiens)
Tblastn
Menú SelR
SelR2 (Homo sapiens)=
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SelR2 en el Contig19365_19737:
AEWSTTLSPEEYAVCRRKGTEAPWSGEYNYNKAEGTYNCSCCGAPLFSSNTKFDSGSGWPSFFDKAGEIDFLSRQHVRGLPSL
LPRGHGMSRVEVTCANCDAHLGHVFEDGPKPTGLRYCINSVSLSFE
Predicción de la proteína homóloga a SelR2 en el Contig18951_19938:
QFRVLRQKGTERAGTGEYNKHDEKGIYRCAGCDTPLFSSDTKFNSGCGWPAFFDALPGAVLRNEDTTFGMTRIEIVCAKCGGH
LGHVFKGEKFPTPTDERHCVNSVSLRFEP
SelR3 (Homo sapiens)
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SelR3 en el Contig18951_19938:
VQFRVLRQKGTERAGTGEYNKHDEKGIYRCAGCDTPLFSSDTKFNSGCGWPAFFDALPGAVLRNED
Predicción de la proteína homóloga a SelR3 en el Contig19365_19737:
VAKSDAEWSTTLSPEEYAVCRRKGTEAPWSGEYNYNKAEGTYNCSCCGAPLFSSNTKFDSGSGWPSFFDKAGEXLTFYHDNTH
GMSRVEVTCANCDAHLGHVFEDGPKPTGLRYCINSVSLSF
SelR (Drosophila melanogaster)
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SelR de Drosophila melanogaster en el Contig18951_19938:
VQFRVLRQKGTERAGTGEYNKHDEKGIYRCAGCDTPLFSSDTKFNSGCGWPAFFDALPGAVLRNEDTTFGMTRIEIVCAKCGG
HLGTHPTFISRGPVAHLSRCVGHVFKGEKFPTPTDERHCVNSVSLRF
Protein blast
Sólo se hacen los protein BLAST de los péptidos más largos, puesto que los hits en exactamente la misma región -en el mismo Contig- no son más que una sola y única proteína (más información en el apartado de Conclusiones).
Péptido homólogo a SelR2 (Contig19365_19737) contra Homo sapiens
Péptido homólogo a SelR2 (Contig19365_19737) contra todos los organismos
Péptido homólogo a SelR de Drosophila melanogaster (Contig18951_19938) contra Drosophila melanogaster
Péptido homólogo a SelR de Drosophila melanogaster (Contig18951_19938) contra todos los organismos
Discusión
Como se empezó a comentar en el apartado de protein BLAST, los cuatro hits en dos contigs diferentes (también debemos tener en cuenta el hit que da SelR de Drosophila melanogaster) que nos dan los BLASTs de SelR2 y SelR3 son en realidad dos genes separados. Por lo tanto, tenemos sendos hipotéticos genes o segmentos de ellos en el Contig19365_19737 y en el Contig18951_19938. En ambos se conserva la cisteína clave.
La primera proteína, la del Contig19365_Contig19737, la llamaremos SelRA. La otra, la del Contig18951_Contig19938, la llamaremos SelRB. Para SelRA cogeremos el fragmento que da homología con SelR2 pues es más largo; para SelRB cogeremos el fragmento que da homología con SelR de Drosophila por las mismas razones.
A partir del t_coffee se puede hipotetizar que hubo un ancestro de la familia SelR, conservado como uno solo antes de la especiación de Acanthamoeba castellaniii respecto a Homo sapiens. Luego de esta, hubo una duplicación en A.castellanii (dando los homólogos en cisteína SelRA y SelRB) y una triplicación en Homo sapiens (que dio lugar a SelR1, SelR2 y SelR3), siendo ambos sucesos independientes.
Al mirar los dominios en el Pfam se observa que el dominio SelR se ha conservado íntegramente en ambos péptidos. De hecho, lo único que se ha conservado es el dominio.
SelRA
SelRB
En cuanto a SelR1, no se encuentra homología alguna.