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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SelI
Función: CDP-alcohol fosfatidiltransferasa. Todos los miembros de esta familia tienen la habilidad de catalizar el desplazamiento de CMP desde un complejo CDP-alcohol por un segundo alcohol con la formación de un enlace fosfodiéster y la rotura concomitante de un enlace anhídrido fosfórico.
Resultados
Tblastn
Homo sapiens
Drosophila melanogaster
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a Sel I de Homo sapiens en el Contig11549_contig9039_contig15371_contig2355YISQKGLANLAHYKYSGSDLSFLYNLVLTHYFDWLVLRMPLWIAPNMLTLIGVMFNYVFYFLLGYYTPHLTGVAPAWVYFVSAFCIFAY
QSLDNIDGRQARRTGSSSPLGELFDHVCDAASC
Predicción de la proteína homóloga a Sel I de Drosophila melanogaster en el Contig11549_contig9039_contig15371_
contig2355
YISQKGLANLAHYKYSGSDLSFLYNLVLTHYFDWLVLRMPLWIAPNMLTLIGVMFNYVFYFLLGYYTPHLTGVAPAWVYFVSAFCIFAY
QSLDNIDGRQARRTGSSSPLGELFDHVCDAAS
Protein blast
Solo se hacen los protein BLAST de los péptidos más largos, puesto que los hits en exactamente la misma región -en el mismo contig- no son más que una sola y única proteínaContra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Discusión
Los hits significativos que se obtienen en el tBLASTn de Homo sapiens y Drosophila melanogaster se producen en el mismo contigs. Por ello, hemos analizado únicamente la secuencia proteica del GeneWise más larga en el protein BLAST.Analizando los resultados se observan una posible conclusión:
En el protein BLAST contra Homo sapiens, no aparece ningún alineamiento significativo para la CDP-alcohol phosphatidyltransferase. En cambio, si que aparece un score elevado para la proteína choline/ethanolamine phosphotrasnferase. En este caso se puede pensar que el fragmento proteico que se obtiene del GeneWise es una parte de un dominio homólogo de choline/ethanolamine phosphotrasnferase en Homo sapiens, que también aparece en CDP-alcohol phosphatidyltransferase.
Para confirmar esta posible conclusión se han mirado los dominios en el Pfam; y se ha realizado un alineamiento de t_coffee con las tres secuencias proteicas (CDP-alcohol phosphatidyltransferase de SelI; CDP-alcohol phosphatidyltransferase de choline/ethanolamine phosphotrasnferase y el dominio roto de Acanthamoeba castellanii).
Pfam Sel I Homo sapiens
Pfam choline/ethanolamine phosphotrasnferase Homo sapiens
Pfam Acanthamoeba castellanii
Finalmente, no podemos concluir nada seguro ya que nuestra proteína de Acanthamoeba castellanii es muy parecida a ambas. Como posible conclusión creemos que la proteína obtenida no es Sel I ya que no se ha alineado con la selenocisteína, pero tampoco podemos clasificar nuestra proteína.