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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SPS1 y SPS2 (Selenophosphate synthetases)
Función: SPS1 y SPS2 forman parte de la maquinaria involucrada en la síntesis de selenoproteínas. Se encargan de sintetizar un donador lábil de monoselenofosfato, a partir de ATP y seleniuro. SPS2, a su vez, es una selenoproteína.
Resultados
SPS1 Homo sapiens
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SPS1 de Homo sapiens en el Contig8531_contig15660:
IGINHCNNILILLGACKEMDPTDHNIMLMQMMKGFSNTAQEAGTQVTRGQTMINAWPLIGGVAMTAVTLTWSWLFVCTTDAAE
GDVVVLTKPLGIQLDINLNEWI
SPS2 Homo sapiens
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SPS2 de Homo sapiens en el Contig8531_contig15660:
IGINHCNNILILLGACKEMDPTDHNIMLMQMMKGFSNTAQEAGTQVTRGQTMINAWPLIGGVAMTAVTLTWSWLFVCTTDAAE
GDVVVLTKPLGIQLDINLNEWIHNLEVLN
SPS1 Drosophila melanogaster
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SPS1 de Drosophila melanogaster en el Contig8531_contig15660:
IGINHCNNILILLGACKEMDPTDHNIMLMQMMKGFSNTAQEAGTQVTRGQTMINAWPLIGGVAMTAVTLTWSWLFVCTTDAAE
GDVVVLTKPLGIQLDINLNEWIHNLEVLN
SPS2 Drosophila melanogaster
Tblastn
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a SPS2 de Drosophila melanogaster en el Contig8531_contig15660:
IGINHCNNILILLGACKEMDPTDHNIMLMQMMKGFSNTAQEAGTQVTRGQTMINAWPLIGGVA
Protein blast
Sólo se hacen los protein BLAST de los péptidos más largos, puesto que los hits en exactamente la misma región -en el mismo contig- no son más que una sola y única proteína
Péptido homólogo a SPS2 en Homo sapiens contra todos los organismos
Discusión
Como se ha empezado a comentar en el apartado de protein BLAST, todos los hits de todas las proteínas analizadas se encuentran en el Conti8531 15660. Como todas reflejan, en realidad, la misma secuencia, se coge la más larga como base para los análisis posteriores (en este caso la homóloga a SPS2 de Homo sapiens). La llamaremos simplemente SPS.
Se ha hecho un t_coffee de nuestra SPS contra la SPS2 de Homo sapiens.
En el protein BLAST del NCBI se puede observar que un fragmento de la proteína corresponde a la superfamília de PurM:
Esto también sucede en el caso de la proteína SPS2 de Homo sapiens:
Es importante resaltar que el péptido no se extiende hasta la región donde SPS1 tiene su treonina relevante, ni tampoco lo hace en el caso de la SPS2 con su selenocisteína. A pesar de todo, el protein BLAST sí lo identifica con la SPS.
Podemos concluir, no sin alguna duda, que hay un homólogo de SPS en el genoma de Acanthamoeba castellanii, y que la duplicación de la hipotética SPS ancestral (que resultó en las SPS1 y SPS2 de Homo sapiens) se dio luego de la especiación de Homo sapiens y Acanthamoeba castellanii.