ACANTHAMOEBA CASTELLANII

Msr A (Metionina Sulfóxido reductasa A)

Función:   reduce la metionina sulfóxido a metionina: repara el daño oxidativo.

Resultados

Homo sapines

Tblastn
Homo sapiens


Genewise
Predicción de la proteína homóloga a Sel I de Homo sapiens en el Contig13682_contig7923_contig4175_contig2840:

STEVGYAGGDKSSPTYRQVCDGDTGHAEVVKLEFKKDAVDYASLVEFFFRIHDASTVDRQGNDVGTQYRSVIFYHTPEQKSA

Protein blast
Contra Homo sapiens


Contra todos los organismos


Drosophila melanogaster

Tblastn
Drosophila melanogaster


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Discusión

A partir del tBLASTn no se observan alineamientos que impliquen la cisteína en Homo sapiens, y no se obtiene ningún hit para Drosophila melanogaster. La proteína predicha a partir del Genewise es demasiado pequeña como para tratarse de una proteína completa y los e-values en el BLASTp no son excesivamente buenos (e-17), puede que se trate de un dominio conservado.

t_coffee
El alineamiento obtenido en el t_coffee es bastante bueno y conservado, aunque como era de esperar es demasiado corto y la cisteína no es alineada.

Pfam

Gracias a este programa se puede obtener información acerca de la función de los diferentes dominios de las proteínas. Se comprueba que la secuencia predicha codifica por una porción de un dominio con actividad sulfóxido reductasa de metioninas, misma actividad que tiene la selenoproteína en Homo sapiens.




Sin embargo pareciera ser que únicamente es una pequeña parte de lo que es éste dominio en la proteína en Homo sapiens, pudiera ser que este fragmento en un organismo tan lejano de Homo sapiens como es Acanthamoeba castellanii pudiera suplir la función que desempeña esta proteína en otros organismos ya que el e-value es muy bueno.





Aunque puede que esta proteína sea una proteína homóloga a la MsrA de Homo sapiens, la secuencia obtenida es demasiado pequeña como para obtener entre otros datos, un arbol filogénico que lo respalde, por lo que esto no puede afirmarse con certeza.

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