 |
ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
 |
GPx (Glutatión peroxidasa)
Función :la proteína codificada por este gen está encargada de detoxificar el peróxido de hidrógeno y proteger contra el estrés oxidativo.
Resultados
GPx1
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx1 de Homo sapiens:GASGFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDEYVXPAPTTPTGSSCIGLTSPSLFVCL
SVRMYTLCRLPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQGKPVQRYGPPTDPKSIEKDILTLMEK
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx2
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx2 de Homo sapiens:VLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDEYXFPPAPTTPTGSSCIGLTSPSLFVCLSVRMY
TLCRLPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQGKPVQRYGPPTDPKSIEKDILTLMEKA
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx3
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx3 de Homo sapiens:GFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDELPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQGKPVQRY
GPPTDPKSIEKDILTLMEK
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx4
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx4 de Homo sapiens:QLVETHGASGFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDELPGSLGIKGVKWNFTKFLIN
KQGKPVQRYGPPTDPKSIEKDI
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx5
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx5 de Homo sapiens:GFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDELPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQGKPVQRY
GPPTDPKSIEKDILTLMEK
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx6
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx6 de Homo sapiens:GFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKD
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx7
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx7 de Homo sapiens en el Contig14983_Contig20452_Contig1027_Contig15459:VVLIVNVASKCGFTPQYKELQALYEKYKDQGFEIVGFPCNQFGSQEPGSDAEIQEFCQKNYGVSFPIMKKIHVNGDEVHPVYAFL
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx7 de Homo sapiens en el Contig629_Contig12252:LYDFNALDIDKNPVSLSEFSGRVVLVVNVASFXGLTPKNYTQLQELVETHGASGFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTF
PLFDKVNVNGPQAHPLFKWL
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx8
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx8 de Homo sapiens en el Contig14983_Contig20452_Contig1027_Contig15459:QVVLIVNVASKCGFTPQYKELQALYEKYKDQGFEIVGFPCNQFGSQEPGSDAEIQEFCQKNYGVSFPIMKKIHVNGDEVHPVYAFLKSS
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx8 de Homo sapiens en el Contig629_Contig12252:QLVETHGASGFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFPLFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDELPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQ
GKPVQRYGPPTDPKSIEKDILTLMEKASL
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú GPx
GPx4 Drosophila melanogaster
Tblastn
Drosophila melanogaster
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx4 de Dorosphila melanogaster en el Contig14983_Contig20452_Contig1027_Contig15459:
STSTDMSTAKSLHELTAEDNQGQTFDFSQLKGKVVLIVNVASKCGFTPQYKELQALYEKYKDQGFEIVGFPCNQFGSQEPGSDAEIQEFC
QVRHLPLCFFPIMKKIHVNGDEVHPVYAFLKSSKSGLLGLSRIKWNFEKFLVDSEGVVEERYSSLTKPESLESTIEKL
Protein blast
Contra Drosophila melanogaster
Contra todos los organismos
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a GPx4 de Drosophila melanogaster en el Contig629_Contig12252:TLYDFNALDIDKNPVSLSEFSGRVVLVVNVASFXGLTPKNYTQLQELVETHGASGFTVLGFPCNQFGKQEPGTNDEIKEFVKKFNVTFP
LFDKVNVNGPQAHPLFKWLKDELPGSLGIKGVKWNFTKFLINKQGKPVQRYGPPTDPKSIEKDI
Protein blast
Contra Drosophila melanogaster
Contra todos los organismos
Menú GPx
Discusión
A partir del tBLASTn se observan alineamientos en las 8 GPx de Homo sapiens y en la GPx4 de Drosophila melanogaster con el Contig629_Contig12252, y únicamente las GPx 4,7 y 8 de Homo sapiens y la GPx4 de Drosophila melanogaster encuentran hits con el Contig14983_Contig20452_Contig1027_Contig15459.
En lo que se refiere al pimer contig mencionado, en la mayoría de los casos la Sec de las selenoproteínas de Homo sapiens alinean con un codón stop en el genomna de Acanthamoeba castellanii. El mejor hit de tBLASTn se obtuvo con la GPx4 de ambas especies y después de obtener la predicción de la proteína con el Genewise y realizar el BLASTp, en la mayoría de los casos el mejor e-value dado era para la GPx4 aunque ésta no hubiese sido la query inicial.
En lo que se refiere al segundo contig, la cisteína de los homólogos tanto en Homo sapiens como en Drosophila melanogaster alinea con una cisteína de. Los e-values aún siendo peores que los obtenidos para el otro contig, siguen siendo significativos. En este caso sin embargo las secuencias de aminoácidos predichas por el Genewise son ligeramente diferentes.
t_coffee
Tras realizar un t_coffee en un primer momento entre las proteínas predichas en el Contig14983_Contig20452_Contig1027_Contig15459 observamos que hay una ligera diferencia entre la composición aminoacídica predicha con el blast contra la proteína de Drosophila melanogaster y el blast contra la proteína de Homo sapiens. Podría tratarse de una duplicación, sin embargo gracias al output del genewise sabemos que la proteína predicha a partir de Drophila melanogaster tiene 5 exones y 4 intrones y la otra únicamente 3 exones y 2 intrones y por las posiciones que ocupan, el segundo exón de la primera corresponde al primero de la segunda. Aún así éstos los reconoce ligeramente diferentes y esto es porque no reconoce los intrones en el mismo sitio exáctamente, parece que la predicción de este intrón es más adecuada en la proteína predicha más corta ya que encuentra un lugar de splicing canónico GT-AG. De todas maneras se tomará como buena la predicción más larga.
El alineamiento obtenido a partir de las dos secuencias predichas por el blast contra GPx4 de drosophila y las GPx de Homo sapiens y Drosophila melanogaster es muy bueno y conservado a excepción del exón inicial. En el caso del primer contig la Sec alinea con una X y en el caso del segundo alinea con una C, por lo que muy probablemente estemos ante una selenoproteína homóloga y ante una homóloga con cisteína. Aunque a partir del blast inicial se intuye que serán más parecidas a las GPx4, es necesario hacer un árbol con el clustalW.
A partir del árbol se puede hipotetizar que la hipotética selenoproteína es más cercana a la familia GPx4, y la proteína homóloga con cisteína es más cercana a las GPx de organismos inferiores como levaduras. No se dispone de información suficiente para saber qué ocurrió en el primer nudo ni de un outgroup adecuado que pudiese resolverlo, pero una posible conjetura sería que a partir de tres selenoproteínas iniciales, en humano hubo varias duplicaciones de una de ellas (1) que dieron lugar a las selenoproteínas GPx 1,2,3,6 y 5;otras varias duplicaciones de otra (2) en las cuales en un momento se perdió la Sec para dar a GPx7 y 8; y la tercera se perdió en Homo sapiens. De esta forma las dos GPx de Acanthamoeba castellanii vendrían de dos selenoproteínas iniciales diferentes: de 2 y de 3. Sin embargo en este árbol vemos que la nomenclatura en cuanto a los número de las GPx únicamente se ha respetado en Drosophila melanogaster.
SeciSearch
Para comprobar que se trata de una selenoproteína es necesario buscar elementos SECIS en el extremo 3' UTR. Gracias a éste programa se obtiene un posible elemento SECI con un COVE score de 12,96.
En este caso el árbol que se obtiene es diferente por lo que no se puede comprobar que la hipótesis anterior sea cierta, ya que los árboles filogenéticos no son fiables al 100%.
Pfam
Gracias a este programa se puede obtener información acerca de la función de los diferentes dominios de las proteínas. Se comprueba que la secuencia predicha codifica en ambos casos por un dominio con actividad glutatión peroxidasa, misma actividad que tiene la selenoproteína en Homo sapiens.
Además este dominio está presente de forma completa en la secuencia de ambos contigs.
A partir de todos estos datos podemos concluir que hay una selenoproteína GPx y una homóloga con cisteína en el organismo Acanthamoeba castellanii.