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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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DI (Deiodinasa)
Función: la proteína codificada por este gen es una oxidoreductasa que activa la hormona tiroidea convirtiendo la prohormona tiroxina (T4) deiodizando el anillo externo y bioactiva la 3,3',5-triiodothyronine (T3). También degrada ambas hormonas deiodizando el anillo interno.
Resultados
DI1
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a DI1 de Homo sapiens:VVDHMNDRACALFSAWPERLYIVQSGRIAFKGGPGPFGY
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú DI
DI2
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a DI2 de Homo sapiens:VVDHMNDRACALFSAWPERLYIVQSGRIAFKGGPGPFGYILQDIDEWL
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú DI
DI3
Tblastn
Homo sapiens
Genewise
Predicción de la proteína homóloga a DI2 de Homo sapiens:VVDHMNDRACALFSAWPERLYIVQSGRIAFKGGPGPFGYILQDIDEWL
Protein blast
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Menú DI
Discusión
A partir del tBLASTn se obtienen varios alineamientos con las diferentes pautas de lectura con un e-value relativamente bueno (e-10) pero que corresponden a secuencias bastante cortas. En uno de los blasts la Sec del query alinea con un codón STOP, por lo que se decide continuar la búsqueda de esta selenoproteína. La proteína predicha a partir del Genewise en los tres casos (a partir de los tBLASTn hechos contra DI 1,2 y 3 de Homo sapiens) es demasiado pequeña como para tratarse de una proteína completa y los e-values en el BLASTp no son demasiado buenos (e-07), puede que se trate de un dominio conservado. Las tres secuencias son idénticas, salvo que las obtenidas tras el blast contra DI 2 y 3 son 9 aminoácidos más largas, se tomará pues esta secuencia más larga para hacer un tcoffee y comprobar el alineamiento.t_coffee
El alineamiento obtenido es bastante bueno y conservado, aunque como era de esperar es demasiado corto. La Sec no es alineada. Para comprobar qué ha pasado entre el paso en que el tBLASTn sí encontraba un alineamiento para la Sec y aquí no, se utiliza un programa que traduce la región del genoma que contiene esta supuesta proteína en los 6 frames posibles y se observa que la predicción de proteína en el Genewise y el codón STOP que alinea con la Sec están en diferentes frames, lo que implicaría una mutación a lo largo de la evolución que cambiase el marco de lectura e hiciese a nuestro organismo perder la Sec (ver t_coffee).Pfam
Gracias a este programa se puede obtener información acerca de la función de los diferentes dominios de las proteínas. Se comprueba que la secuencia predicha codifica por una porción de dominio con actividad T4 deiodinasa misma actividad que tiene la selenoproteína en Homo sapiens, encontrado con un buen e-value.
Sin embargo pareciera ser que únicamente es una pequeña parte de lo que es éste dominio en la selenoproteína en Homo sapiens, pudiera ser que este fragmento en un organismo tan lejano de Homo sapiens como es Acanthamoeba castellanii pudiera suplir la función que desempeña esta proteína en otros organismos.
Aunque es probable que esta proteína sea un homóloga de las diodinasas de Homo sapiens, la secuencia obtenida es demasiado pequeña como para obtener entre otros datos, un arbol filogénico que lo respalde, por lo que esto no puede afirmarse con certeza.