Sps2
La selenofosfatasa sintasa 2 presenta un doble paper: pertany al grup de les proteïnes encarregades de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes, i actua com a selenoproteïna sintetitzant sulfats a partir de seleni.
Per tal de determinar si la nostra espècie conté Sps2 hem realitzat un tBLASTn per veure si hi ha algun hit prou significatiu entre les Sps2 presents en la SelenoDB i GeneDB, i el nostre genoma. A continuació es mostren els resultats. Veure resultats tBLASTn
Analitzant els resultats, veiem que en totes les espècies amb les que hem fet el tBLASTn obtenim bons hits, però el hit més significatiu correspon al que ens alinea la query corresponent a la seqüència proteica Sps2 de Leishmania major contra el genoma de Leishmania braziliensis. Aquest alineament dóna un E-value prou significatiu amb un valor de 9e-165 i un score de 576.
A més a més, si observem l'alineament, veiem com ens alinea la cisteïna de L. major amb un codó codificant per a cisteïna a L. braziliensis. Aquestes dues evidències ens han fet sospitar de la possible presència de Sps2 com a homòloga en cisteïna en L. braziliensis.
Tot seguit, hem procedit a extreure la seqüència genòmica d'interès localitzada al contig, on s'ha produit l'alineament gi|154346825|ref|NC_009327.1|.
En aquest cas, la seqüència a extreure està en sentit revers, és a dir, en strand -. Per tant, hem canviat el sentit del fragment extret amb la comanda fastarevcomp, obtenint així la strand +.
A partir d'aquesta regió, hem determinat la seva estructura gènica, és a dir, els exons i els introns presents en aquesta subseqüència. Això ho obtenim gràcies al programa Genewise, el qual ens alinea aquesta subseqüència juntament amb la Sps2 de L. major, i ens localitza els exons i els introns. Els resultats es mostren a continuació.
A partir d'aquí, hem agafat el cDNA predit pel programa Genewise i hem realitzat un fastatranslate per tal d'obtenir els 6 possibles ORFs.
Per tal de poder determinar quin dels 6 possibles ORFs corresponia a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna, hem realitzat un BLASTp entre els diferents ORFs contra la proteïna Sps2 de L. major.
Finalment hem extret la seqüència proteica a partir del millor hit obtingut per BLASTp. Aquesta presentava un E-value e-180 i un score de 613.
A continuació es mostra la seqüència proteica predita corresponent a la Sps2 de L. braziliensis:
>subseq(2087042,7055) Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904 chromosome 35:[revcomp]:[translate(1)]
FDPISLGLPAEFQLTDYTRLKGC SCKLPQPKLLALLQEVSTTPGQEDVGMDCSIVPLHHTNSKGEALFLVSTTDFFFPSVSDPFLQGQIGAANVLSDLYSMGISHCDT
MLMLLAASTDMDEHERMVTTREIMKGFAERAQLAATTVTGGQTVMNPWPLIGGVAIAVVSEVEMVRPSGLLRAGDVLVLTKPLGCQVAVNLKQWLLRPTPLYEEAIAE
HITPGEIEELYNMATDSMRRLNREGARLMGKHSAHGATDVTGFGILGHANNFGAAQNVGDAPRSLCLVLERLPMFKTAVAASKRMNDKYRLLEGYSAETSGGLLVAFP
STTAAEAFCAELTEADGGCPSWIVGRVE
Analitzant la seqüència, veiem que presenta una C en posició 23, indicatiu de que, possiblement, la nostra predicció es tracti d'una homòloga de cisteïna.
Per acabar de confirmar les nostres sospites hem realitzat un SECISearch, amb el qual hem obtingut diferents prediccions d'estructures SECIS tot i que no presentaven un valor de cover molt alt.
També hem realitzat per mitjà del programa Interpro una cerca de dominis proteics, amb els quals hem localitzat el domini característic de la selenofosfatat sintasa.
Finalment, hem realitzat un alineament múltiple de les diferents espècies que presenten Sps2 per tal de veure si hi ha conservació entre elles.
Els resultats evidencien la conservació de la seqüència després de la selenoproteïna o cisteïna.
