SelT
La SelT és una selenoproteïna que té com a funció el manteniment de l´ambient redox de la cèl·lula. La cerca d´aquesta selenoproteïna en el proteoma de Leishmania braziliensis l´hem realitzat per comparació entre diferents organismes que la presenten, com són Mus musculus, Homo sapiens i Trypansoma brucei; aquest últim molt pròxim evolutivament a L. braziliensis.
Per tal de determinar si la nostra espècie contenia aquesta selenoproteïna ens hem basat en diferents evidències.
Primer de tot hem realitzat un tBLASTn per veure si hi ha algun hit prou significatiu entre les SelT presents en la SelenoDB i GeneDB amb el nostre genoma. A continuació es mostren els resultats.
El millor hit que hem obtingut és el que ens alinea la query corresponent a la seqüència proteica SelT de T. brucei contra el genoma de L. braziliensis. Aquest alineament dóna un E-value prou significatiu amb un valor de 7e-25 i un score de 111.
A més a més, observant l´alineament, hem vist com ens alinea la selenocisteïna de T. brucei amb un codó stop a L. Braziliensis (representats amb *). Aquestes dues evidències ens han fet sospitar de la possible presència de SelT en L. braziliensis.
Tot seguit hem procedit a extreure la seqüència genòmica d´interès on s´ha produït l´alineament, localitzada al contig gi_154340161_ref_NC_009319.
A partir d´aquesta regió hem determinat la seva estructura gènica, és a dir, els exons i els introns presents en aquesta subseqüència. Això ho hem obtingut gràcies al programa Genewise, el qual ens alinea aquesta subseqüència juntament amb la SelT de T. brucei i ens localitza els exons i els introns. Els resultats es mostren a continuació.
A partir d´aquí hem agafat el cDNA predit pel programa Genewise i hem realitzat un fastatranslate per tal d´obtenir els 6 possibles ORFs.
Per tal de poder determinar quin dels 6 possibles ORFs corresponia a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna, hem realitzat un BLASTp entre els diferents ORFs contra la proteïna SelT de T. brucei.
Finalment hem extret la seqüència proteica a partir del millor hit obtingut per BLASTp; aquesta presenta un E-value de 9e-42 i un score de 152.
A continuació es mostra la seqüència proteica predita corresponent a la SelT de L. Braziliensis:
>subseq(119362,6434).[2469:3434].sp [translate(1)] IVVSLALLFVFAACRANSAHEVQPTQEGNKDPYAYLGMLDEVDLQQILHEKTHGQVQVSAFRSKEELVAA VRKIEEREDAEVSAKKTLSGRPLSVVHKLEILYCTGU GYAKYFEDMKQQLQRVLPNAGDVQIVGGTYPTP PARALAAKVCSTAFLASLGMALAGGQLAFLPPAALNFIVQQRGMLVGTGFLLNMIGSSLTQTGAFEVTLD GELIFSKLQAGAVPTVEVMRRIILQK
Analitzant la seqüència veiem que presenta una U, indicatiu de que possiblement es tracti d´una selenoproteïna. Per acabar de confirmar les nostres sospites, hem realitzat un SECISearch amb el qual hem obtingut un SECIS, però no ha estat significatiu ja que presentava un cover baix.
També hem realitzat, per mitjà del programa Interpro, una cerca de dominis proteics amb la qual hem localitzat el domini característic de les SelT.
Finalment hem realitzat un alineament múltiple de les diferents espècies que presenten la SelT per tal de veure si hi ha conservació entre elles després de la selenocisteïna o cisteïna.
