SelR2

SelR és una selenoproteïna que pertany a la subfamília de les Metionina-R-sulfòxid reductasses. És un antioxidant que catalitza la reducció dels sulfòxids de metionina en una reacció depenent del NADPH.

Com amb totes les selenoproteïnes, hem fet un tBLASTn del nostre genoma de Leishmania braziliensis contra les SelR d'Homo sapiens i Drosophila melanogaster. En els resultats hem vist com tenim un bon E-value en l'alineament amb D. Melanogaster, però no ens alinea la cisteïna de la selenoproteïna de D. Melanogaster amb cap altra C o codó stop. Així doncs, mirem l'alineament amb H. sapiens i ens trobem que té tres subfamílies: SelR1, SelR2, SelR3. Veure resultats tBLASTn

Hem fet tot el procés per cada una de les subfamílies i hem vist que les tres es troben pràcticament en la mateixa regió del genoma, és a dir, se solapen. Això ens indica que la nostra SelR de L. Braziliensis és co-ortòloga amb les tres SelR d'H. sapiens. Podem dir doncs que hi ha hagut una evolució i que d'una única SelR algunes espècies han passat a tenir-ne més.

També hem pogut comprovar que l'element SECIS és el mateix per les tres subfamílies, fet que corrobora encara més la conclusió explicada. Un cop entès aquest fet, ens quedem amb la subfamília d'H. sapiens que té un millor E-value en l'alineament del tBLASTn. Aquesta subfamília és la SelR2 (Methionine-R-sufoxide reductase 2).

Veiem com SelR2 és un homòleg en cisteïna i com la nostra selenoproteïna també, ja que s'alinea perfectament la C.

Agafem doncs el còntig d'aquest alineament per poder treure la seqüència genòmica d'interès: gi|154340790|ref|NC_009320.1|

Utilitzem el programa genewise per obtenir els exons i els introns d'aquesta seqüència, ja que ens determina l'estructura gènica de la regió que ens interessa. Veure resultats Genewise

Obtenim només un exó en els resultats. Amb el cDNA que ens dóna com a resultat, fem un fastatranslate i obtenim els 6 ORFS. Realitzem un blastp contra la SelR2 per determinar quin d'ells correspon a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna. Dels resultats obtinguts, ens quedem amb la seqüència proteica que té el millor hit:

	                 >gi|154340790|ref|NC_009320.1|:subseq(1052883,6437).[3072:3437].sp [translate(1)]
                         AEWRRVLTSQEYCILREKGTDPVGGKYDDVFEEGVYVCAGCKTPLYLSSMKFACGCGWPGFYDCIPKRVREQPDRDGHRVEIVC
			 NACNGHLGHVFRNEGFRNPPPNERHCVNNTSIVLQPTK

Sospitem que la selenoproteïna R2 es troba en el genoma de L. Braziliensis. Busquem elements SECIS (en el programa SECISearch) per confirmar la nostra sospita. L'element SECIS trobat és el següent, amb un COVE score de 0:

Hem realitzat també, per mitjà del programa Interpro, la cerca de dominis proteics i hem localitzat el domini característic de les SelR i un altre domini no significant de zinc finger.

Finalment hem realitzat un alineament múltiple amb les diferents espècies que presenten la SelR, per veure si hi ha conservació entre elles després de la cisteïna. Veure alineament