MsRa
MsrA és una selenoproteïna la funció de la qual, en el cas dels humans, és catalitzar la reacció reversible i esteroespecífica de conversió de metionina R/S sulfòxid metionina. La reacció esmentada està implicada en processos biològics com: funció antioxidant, senyalització cel·lular i regulació de l'activitat enzimàtica. Es tracta d'una proteïna citosòlica i nuclear.
Hem fet un tBLASTn contra les selenoproteïnes d'Homo sapiens, Mus musculus i Drosophila melanogaster.
Els resultats amb el millor E-value són l'H.sapiens i M. musculus, tot i tenir un E-value semblant, ens quedem amb l'alineament d'H. sapiens.
Hem observat que de les quatre espècies que hem buscat, cap d'elles té una U, totes tenen homòlegs en cisteïna. Suposem que el codó d'alguna altra espècie sí que codificarà per una U, però no l'hem trobada en les bases de dades que hem buscat. Veiem que aquesta C s'alinea amb una altra cisteïna del nostre genoma, per tant, tenim un homòleg en cisteïna.
Agafem doncs el còntig d'aquest alineament per poder treure la seqüència genòmica d'interès: gi|154332491|ref|NC_009299.1|
A partir del programa genewise, determinem l'estructura gènica d'aquesta regió d'interès, és a dir, obtenim els exons i els introns d'aquesta subseqüència.
Els resultats ens mostren que a la seqüència predita només hi ha un exó. Agafem el cDNA que ens dóna com a resultat el genewise i fem un fastatranslate per obtenir els 6 ORFs possibles. Per determinar quin dels 6 ORFs correspon a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna, realitzem un blastp dels 6 ORFs contra la MsrA d'H. sapiens. Dels resultats obtinguts, ens quedem amb la seqüència proteica que té el millor hit:
>gi|154332491|ref|NC_009299.1|:subseq(538620,6542).[3000:3500].sp [translate(1)] TARATFAAGC YWGTEHLFTKKFKDGIVSHKVGFMGGVEREGLGYS DVTKGNTGHAEVLDLVYDPDKVSFEDLLSFFFRMHNSTTLNRQGGDVGTNYRSAIFYYNDEQKTAAENYIARLNGSDEKL HAAFTKAFGGGPCVTTLEKAGIFYPAHEAHQNYIEKHPNGYC
Després de tot aquest procés, sospitem que la selenoproteïna MsrA es troba en el genoma de Leishmania braziliensis. Per acabar-ho de confirmar, busquem elements SECIS en la seva regió 3' en el programa SECISearch. Ens troba l'element secis següent, amb un COVE score de 0.
Hem realitzat també, per mitjà del programa Interpro, la cerca de dominis proteics i hem localitzat el domini característic de les MsrA.
Finalment hem realitzat un alineament múltiple amb les diferents espècies que presenten la MsrA, per veure si hi ha conservació entre elles després de la cisteïna.
