Les selenoproteïnes són aquelles proteïnes que contenen una selenocisteïna (Sec), la qual és codificada pel codó TGA que normalment és un codó de terminació traduccional. La incorporació de la selenocisteïna en la seqüència d'aminoàcids es realitza mitjançant una estructura tridimensional anomenada SElenoCystein Insertion Sequence (SECIS), que es localitza en la regió 3' no traduïda del gen de la proteïna. La majoria de selenoproteïnes són enzims oxidoreductasa, per tant, es creu que presenten capacitat protectora antioxidant. Les selenoproteïnes han estat identificades en els tres dominis de la vida: bacteria, archaea i eucariotes. Més de 50 selenoproteïnes han estat descobertes en eucariotes, i la seva distribució en els taxons varia molt. Fins al moment, 25 selenoproteïnes s'han identificat en el genoma humà però solament una en C. elegans i tres en Drosophyla. En canvi, en els genomes, per exemple, de D. willistoni i N. vitripennis no s'ha descobert cap selenoproteïna. Tanmateix, s'han trobat en algunes espècies, selenoproteïnes com a homòlegs amb cisteïna. Les diferències en les selenoproteïnes i l'existència d'homòlegs en els quals una selenocisteïna ha estat reemplaçada per una cisteïna, dóna lloc a preguntes com per què el seleni és necessari, i quina és la funció del seleni en les diferents formes de vida. La caracterització de noves selenoproteïnes, homòlegs amb cisteïna i maquinària de síntesis de selenoproteïnes, és important per a explicar les contradiccions que s'observen al llarg de la evolució de les selenoproteïnes i el seu origen en alguns organismes.
En aquest treball hem buscat selenoproteïnes en el genoma de Leishmania braziliensis. Mitjançant tBLASTn hem trobat diverses possibles selenoproteïnes homòlogues a altres ja conegudes en Homo sapiens, Mus musculus, Drosophyla melanogaster, Tripanosoma brucei i Leishmania major. Mitjançant diversos programes bioinformàtics, hem realitzat la predicció d'aquestes possibles selenoproteïnes. A continuació, hem indagat la presència d'elements SECIS amb el programa SECISearch. Finalment, hem trobat 4 selenoproteïnes amb Sec (SelT, SelK, SelR1, SelTryp) i 5 homologies amb Cys (Gpx, Sps2, MsRA, SelR2, SelR3).
Per altra banda, mitjançant la cerca de SECIS, hem intentat identificar noves selenoproteïnes, concloent el nostre treball amb la troballa d'una possible nova selenoproteïna.
Bioinformàtica 2009