Selenoproteïnes en Plasmodium vivax
Clara Conill, Estel Enreig, Albert Gil, Carlos González, Jordina Guillén
Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida
Universitat Pompeu Fabra
Com ja sabem, les selenoproteïnes requereixen una maquinària específica per a poder incorporar una selenocisteïna en presència de codons TGA, els quals indiquen normalment el final de la traducció. Per tant, serà imprescindible la presència de tRNA específics que siguin capaços d'incorporar a la seqüència aminoacídica creixent una selenocisteïna en presència d'un TGA. Les característiques d'aquest tRNA Sec en Plasmodium són molt similars a les de la resta de tRNA Sec d'altres eucariotes.
RECERCA DE tRNA Sec EN Plasmodium vivax
Per a realitzar aquesta cerca es va emprar una base de dades obtinguda de la pàgina PlasmoDB on estaven tots els transcrits de Plasmodium . En aquesta es va buscar el transcrit corresponent al tRNA que incorpora la selenocisteïna en les selenoproteïnes d'aquest organisme. Amb aquest transcrit es va realitzar un BLASTN contra el genoma de Plasmodium vivax, els quals presenten un alineament molt bo amb un e-value molt significatiu.
El BLASTN en el genoma de P.vivax usant tRNA Sec de P.falciparum com a query va donar el següent resultat:
 |
| Figura 1. Resultats BLASTN |
| Descarrega't l'arxiu |
Cal dir que ja vam poder trobar el tRNA Sec de Plasmodium vivax directament, tot i que vam intentar realitzar també el BLASTN amb una espècie propera per a demostrar homologia. Tot i així, en tractar-se d'un tRNA i ésser una seqüència molt curta de nucleòtids no hem trobat homologies significatives amb altres espècies més llunyanes. Això és degut a que els tRNA tenen seqüències molt poc conservades ja que el que interessa és l'estructura secundària que adquireix aquest RNA i no només la seva seqüència.
El BLASTN ens indica a quin contig (ctg_7179) obtenim un millor alineament i un e-value més significatiu. En aquest aspecte els BLASTN realitzats amb Plasmodium vivax i amb Plasmodium falciparum coincideixen en indicar-nos en quina posició es troba tRNA Sec en el genoma del nostre organisme.
Un cop aïllat el ctg i després de delimitar el fragment que conté la seqüència putativa del nostre tRNA Sec procedim a predir l'estructura secundària d'aquest tRNA amb el programa ARAGORN v 1.1. Aquest, ens prediu si en la seqüència introduïda (on esperem trobar el tRNA Sec) hi ha un tRNA:
 |
| Figura 2. Esquema estructura tRNA Sec |
| Descarrega't l'arxiu |
Així doncs, podem dir que Plasmodium vivax conté un element més de la maquinària necessària per a la incorporació de selenocisteïna en la síntesi protèica.