Selenoproteïnes en Plasmodium vivax

Clara Conill, Estel Enreig, Albert Gil, Carlos González, Jordina Guillén

Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida

Universitat Pompeu Fabra

• Abstract
• Introducció
• Materials i mètodes
• Resultats i discussió
• Conclusions
• Bibliografia
• Contacta'ns

Aquesta és una proteïna associada a tRNA Sec. Va ser aïllada per immunoprecipitació en mostres de pacients amb hepatitis crònica d'origen autoimmune. Recentment, s'ha relacionat amb SECp43 i s'ha proposat que aquestes dues proteïnes juguen un paper molt important en el procés general de biosíntesi i incorporació de selenocisteïnes.

RECERCA DE SLA/LP EN Plasmodium vivax

Amb la seqüència aminoacídica de SLA/LP de Drosophila melanogaster realitzàrem un TBLASTN contra el genoma de Plasmodium vivax:

Figura 1. Resultats TBLASTN

Descarrega't l'arxiu

Els resultats obtinguts del TBLASTN ens serviren per a confirmar que en el genoma del nostre organisme existeixen seqüències homòlogues a aquesta proteïna. A més a més, ens van indicar a quina posició del genoma es troba aquesta homologia significativa. Així, vam saber que en el ctg_6877 trobem aquesta seqüència homòloga.

A continuació realitzàrem un GeneWise amb la proteïna SLA/LP de Drosophila melanogaster contra el fragment del ctg on el TBLASTN ens va predir el gen que codifica per a la proteïna homòloga a la de Drosophila melanogaster. El programa ens va predir l'estructura del gen contingut en aquesta seqüència nucleotídica, així com la seqüència aminoacídica de la proteïna a la que donaria lloc. (resultats aquí)

Per tal de comprovar que la proteïna predita pel GeneWise existeix veritablement en el genoma de Plasmodium vivax vàrem fer un TBLASTN de la predicció (malgrat no es tracti de la proteïna sencera) contra totes les seqüències de mRNA de la base de dades d'aquest organisme. D'aquesta manera, esperàvem veure uns alineaments pràcticament perfectes entre la nostra predicció i algun transcrit del genoma de Plasmodium vivax.

Seqüència predita pel GeneWise:

	HNEHSHKCMQLRVIRRGNGLPLLRHATLPPPLLSILNYGRVPNEGLNEITIMSILHQISS 
	QNLCNSEKNVKIGERENRIYSALVRNKYIGFGHGIGRSGNLDDVQPKSAGNSVLAKATTS 
	FVKDLIKSFGIKGCEDVYILPYATGMCLSTCILYTKKEREKSEYVIVSRIDHKTCYKCID 
	FCALKYLVVDMVYRDEELHTNLSEIEKLIQTYGEKICCVMSVTSSYAPRNSDDIVKIGHM 
	CRRYNIPHIINNAFGLQCNYLCKEIQKCFETKGRVDFVVQSCDKNFLVPVNGGIVFSSDK 
	KKMKELKKHYPGRTPVHAYLDLFITLLELGKRKILNLRKEREENFAWLKNKVSTLCSKYN 
	LSLIKASKNKISMAINLNELYKIYHVENPRSITLLGSLLFYRNVTGHRVICSPLLIRNGG 
	VDPNGVDTTEQGEPKPNGVSFPNPRNS

Seqüència aminoacídica del mRNA:

	MNTPGVDVRNGKAVQGDICSNRYSLISKQTLNQKENTLWNILNYGRVPNEGLNEITIMSILHQI
	SSQNLCNSEKNVKIGERENRIYSALVRNKYIGFGHGIGRSGNLDDVQPKSAGNSVLAKATTSFV
	KDLIKSFGIKGCEDVYILPYATGMCLSTCILYTKKEREKSEYVIVSRIDHKTCYKCIDFCALKY
	LVVDMVYRDEELHTNLSEIEKLIQTYGEKICCVMSVTSSYAPRNSDDIVKIGHMCRRYNIPHII
	NNAFGLQCNYLCKEIQKCFETKGRVDFVVQSCDKNFLVPVNGGIVFSSDKKKMKELKKHYPGRT
	PVHAYLDLFITLLELGKRKILNLRKEREENFAWLKNKVSTLCSKYNLSLIKASKNKISMAINLN
	ELYKIYHVENPRSITLLGSLLFYRNVTGHRVICSPLLIRNGGVDPNGVDTTEQGEPKPNGVSFP
	NPRNSSEDARPTHSPNNSNQGGVKETSQTHLVKNENATHAAILGKGLTIGNHTFEHFGCSYDLY
	PFSYIAFSCVIGIEREELQSFVEKLDDAIGCFIRRFGRRASPVERSYAPL  

Prenent la seqüència del mRNA completa amb la qual vam obtenir un alineament pràcticament perfecte, poguérem obtenir la seqüència real de la nostra proteïna. Com es pot observar, no vam poder predir la totalitat de la proteïna. Però amb l'ajuda del programa Exonerate deduírem de manera completa l'estructura del nostre gen a la seqüència genòmica.

Com a resum de l'estructura del gen:

# seqname source feature start end score strand frame attributes
#
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	gene	144592	146786	2880	-	.	
gene_id 1 ; sequence  ; gene_orientation +
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	146700	146786	.	-	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	146700	146786	.	-	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	146698	146699	.	-	.	
intron_id 1 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	146523	146699	.	-	.	
intron_id 1
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	146523	146524	.	-	.	
intron_id 0 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	146491	146522	.	-	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	146491	146522	.	-	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	146489	146490	.	-	.	
intron_id 2 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	146370	146490	.	-	.	
intron_id 2
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	146370	146371	.	-	.	
intron_id 1 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	146283	146369	.	-	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	146283	146369	.	-	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	146281	146282	.	-	.	
intron_id 3 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	146178	146282	.	-	.	
intron_id 3
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	146178	146179	.	-	.	
intron_id 2 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	146076	146177	.	-	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	146076	146177	.	-	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	146074	146075	.	-	.	
intron_id 4 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	145970	146075	.	-	.	
intron_id 4
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	145970	145971	.	-	.	
intron_id 3 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	144592	145969	.	-	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	144592	145969	.	-	
.	insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6877|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	similarity	144592	146786	2880	

Figura 2. Resultats Exonerate (.gff)

Descarrega't l'arxiu

Per últim, per tal de determinar si aquesta proteïna conserva la seva funcionalitat, vam utilitzar el programa InterProScan, el qual localitza motius característics funcionals que es poden trobar a la seqüència aminoacídica de la nostra proteína.

Figura 3. Dominis SLA/LP en D. melanogaster (esquerra) i en P.vivax (dreta)

Observem que la proteïna estudiada conserva la funcionalitat respecte a la seva homòloga en Drosophila melanogaster, la qual cosa és concloent de que hem aconseguit trobar veritablement la proteïna homòloga a SLA/LP funcional al nostre organisme.

Per resumir tota aquesta informació aquí podem veure un esquema de la SLA/LP de P.vivax:

Figura 4. Esquema SLA/LP

Tornar enrere