La regulació dels gens és un procés fonamental que es dóna en qualsevol tipus de cèl•lula i que permet un control exhaustiu de l'activitat dels gens. Alterar el grau de transcripció és una estratègia efectiva per controlar-ne l'expressió i la seva activitat. Generalment en eucariotes la regulació de la transcripció dels gens es dóna a nivell individual, però s'ha demostrat que en alguns casos existeixen mecanismes que actuen sobre determinats dominis cromosòmics.
Per tant, podem dividir el genoma en dominis de gens adjacents, o clusters, que són regulats i expressats conjuntament. Com molt bé s'ha estudiat, la transcripció depèn de seqüències promotores localitzades abans del lloc d'inici de la transcripció (upstream). L'activitat d'aquests està modulada per factors de transcripció (específics de seqüència) que interactuen amb la maquinària transcripcional, amb les mateixes seqüències promotores o que alteren l'estructura de la cromatina per permetre o restringir l'accés d'altres factors.
Degut a l'evidència de la possible regulació conjunta de gens adjacents, sorgeixen nous camps d'investigació, entre els quals trobem la cerca de llocs d'unió de factors de transcripció comuns en gens adjacents o clusters. Els antecedents més destacats duen a terme aquesta cerca mitjançant estudis amb microarrays, i demostren la correlació en l'expressió d'aquests gens adjacents.
L'objectiu d'aquest treball és predir seqüències de llocs d'unió per factors de transcripció per intentar buscar certa correlació entre aquests factors de transcripció en clusters de Drosophila Melanogaster. Per realitzar aquest estudi, només tindrem en compte aquelles seqüències que considerem conservades (que corresponen a segments importants per la regulació genòmica i per tant s'han mantingut sense canvis al llarg de l'evolució), per això partirem d'un alineament múltiple entre D.melanogaster, D.Yakuba, D.Ananassae, D.Pseudoobscura, D.Virilis, D.Mojavensis, A.Melli i A.Gambiae (criteri de conservació explicat més endavant).
| Índex | Introducció | Materials i mètodes | Resultats | Conclusions | Referències |