2. BLAST vía web para encontrar homologías.
 

  • La secuencia del fragmento T-DNA del plásmido pRi2659 y la posición de ORF-13 son representadas en la siguiente imagen:


    Plásmido pRi2659



  • Esta es la recopilación de todas las secuencias de bacterias que presentan homología con el T-DNA del plásmido pRi2659 y concretamente con ORF-13. Con los BLASTN y TBLASTX realizados ajustando diversos parámetros (e-value, word size, blosum ...) obtuvimos cinco secuencias diferentes:

    1. plásmido pRi1724 de A.rhizogenes.
    2. una región del T-DNA del plásmido pRi8196 de A.rhizogenes.
    3. la región TL-DNA del plásmido pRiA4 de A.rhizogenes.
    4. la región T-DNA del plásmido pTiC5 de A.tumefaciens.
    5. el cluster genético de Streptomyces halstedii para la biosíntesis de vicenistatin.

  • Con los BLASTN y TBLASTX realizados a partir del plásmido pTi15955 de A.tumefaciens hemos asegurado que realmente no existe homología alguna con el ORF-13 del pRi2659. Es decir, que la no aparición de este plásmido en los BLASTs anteriores no se debe a un error.

  • Con la realización del BLASTn contra eucariotos, obtubimos dos especies de la planta de tabaco que presentaban en su genoma regiones ORF-13 like de gran homología:
    1. Nicotiana glauca .
    2. Nicotiana cordifolia.

    La aparición de estas secuencias en plantas (muy alejadas filogenéticamente de los resultados obtenidos hasta el momento, en bacterias) puede explicarse porque las plantas de tabaco han sido transformadas por infecciones de A.rhizogenes a lo largo de su evolución [K.Suzuki, I.Yamashita, et al 2002] .





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