OBJETIVO:
Conseguir las representaciones gráficas de cada uno de los alineamientos realizados con las BLOSUM 80, 62 y 45.
Los gráficos que se obtienen con este tipo de BLAST, permiten ver los alineamientos de una forma más específica
que con el BLAST vía web.
PASOS a realizar para cada par de plásmidos comparados:
- Con formatdb conseguimos que las secuencias que tenemos en formato fasta adquieran
el formato adecuado para realizar el BLAST.
- Alineamiento local en command line usando blastall a partir de los ficheros en formato fasta de los plásmidos
a comparar (los obtenidos en el paso anterior). Obtenemos un output.
- Partiendo de los output y mediante parseblast, obtenemos el fichero gff.
- Con gff2aplot y usando como entrada los ficheros gff de cada blast y los ficheros gff de GenBank de cada plásmido,
conseguimos el archivo ps que es visualizado mediante kghostview.
- Para que estas imágenes puedan ser visualizadas en la web, se ha cambiado la extensión de ps a png mediante convert.
Para ver los comandos utilizados clickar aquí.
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