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Este trabajo está dirigido a la búsqueda de motivos biológicos que se encuentren con frecuencias significativamente distintas entre exones cuya expresión es constitutiva y exones cuya expresión varia según cómo se produzca el splicing.
Existen dos tipos de exones:aquellos que siempre están presentes en los mRNAs cuando se expresa el gen que los contiene, los llamados exones constitutivos, y aquellos cuya expresión depende del splicing pudiendo aparecer, o no, en los mRNAs maduros, estos son los llamados exones alternativos.
La figura A representa un proceso de splicing en el que el mRNA maduro contiene los dos exones constitutivos pero no contiene el alternativo.
La figura B representa el proceso en el que el mRNA maduro contiene los tres exones, tanto los constitutivos como el alternativo.
En este proyecto se parte de unas secuencias de ratón ( mus musculus) que contienen tres exones, dos de los cuales son exones constitutivos y uno,entre los constitutivos, es alternativo. El objetivo es agrupar todos los exones constitutivos por un lado, y por otro los alternativos, para determinar la presencia significativa de motivos en los exones alternativos. Para determinar esto se extraerán los motivos comunes en ambos exones y se analizarán cuales de ellos se encuentran con una frecuéncia significativamente superior en los exones alternativos respecto a los constitutivos, es decir, que su presencia no se debe exclusivamente a la aleatoriedad.
