Per tal de determinar la localització de les regions promotores dels gens predits i la presència de senyals reguladores als introns, hem realitzat un aliniament múltiple entre la seqüència ENr324 contra les seves homòlogues en ratolí, rata, pollastre i Fugu, utilitzant el programa ECR Browser.
Veient el gràfic es pot indicar que no s'ha aliniat amb cap gen conegut, tot i que nosaltres, mitjanç tots els passos anteriors, hem determinat la presència del gen THO2 en aquesta regió. Aquest fet coincidiria amb l'elevada homologia que s'observa en tot aquest segment, principalment amb ratolí i rata.
Bloc B:
En aquest esquema observem que la seqüència es pot aliniar sense gaps amb ratolí, rata i pollastre, mentre que en Fugu no presenta sintènia. Això concorda amb l'observat en els anàlisis anteriors d'aquesta regió, confirmant que el gen 2 predit per FGenes no és correcte.
Bloc C:
Podem determinar que, com en el cas anterior, Fugu no es pot aliniar amb la resta. Reafirmant la validació pels ESTs, observem que la primera meitat d'aquest bloc conté poques regions molt conservades, les quals havien estat predites pel Genscan i pel Geneid com a exons, peró que podrien ser interpretades com a regions reguladores de la transcripció de BIRC4.
Aquest gen presenta una elevada conservació entre els mamífers als exons, així com a la regió 3'UTR, que sembla tenir un paper molt important en la regulació o bé una possible transcripció, fet que seria suportat per la presència d'ESTs en aquesta zona (mapa 6).
Bloc D:
En aquest fragment tornem a veure la baixa homologia que presenta Fugu i l'elevada similitud entre espècies mé properes filogenèticament. S'observa una regió UTR, en mig del gen, precedida per unes seqüències que presenten en alguns trams una homologia propera al 75% entre mamífers, indicant una possible funció reguladora.
Hi ha una similitud entre els exons de STAG2, així com en certs introns, podent represetar elements relacionats amb l'splicing o altres funcions. Per últim, es torna a veure una elevada homologia entre les regions 3'UTR.
La part inicial d'aquest gen es troba al bloc F.
Bloc E:
Podem observar que ni Fugu ni pollastre presenten homologia. En aquesta regió no s'han determinat gens coneguts però sí hi ha dues regions (121.842.070 i 121.862.070) molt conservades entre mamífers, la qual cosa explicaria l'error comés per FGenes a l'hora de predir el seu quart gen. Aquesta homologia podria ser interpretada com l'existència d'un pseudogen en aquesta regió.
Bloc F:
En aquest gràfic tornem a identificar una possible seqüència reguladora envoltant el 5'UTR del gen STAG2, força conservada entre mamífers. També s'observen regions amb homologia elevada en introns, indicant una possible funció reguladora, i la predicció d'una regió UTR intragènica. La part final d'aquest gen es troba al Bloc D.
