Estudi de la regió promotora dels gens predits


Per tal de comparar els exons inicials de les dos trànscrits amb l'exò inicial predit pels programes geneid i genscan hem realitzat un estudi de les regions promotores mitjançant el programa Promo (Mar Albà). A través del MultiSearchSites hem introduït les tres regions upstream (500 bases) de l' exò inicial predit tant pel genscan com per geneid, i dels dos exons inicials dels dos transcrits de la proteïna.

Initials Regions Upstream
Gen predit 16975859-16976358
Trànscrit 1 16865834-16866333
Trànscrit 2 16913964-16914463

Taula 2. Posicions de les seqüències
estudiades



Els resultats d'aquest anàlisi els podem observar amb la següent imatge:




Fig 14. Regions promotores (PROMO)



Com veiem només observem una regió promotora TATA box en la regió upstream del segon transcrit. Com ja esperavem no la trobem en l'exó inicial predit pels programes de predicció, la qual cosa ens confirma que és un fals positiu. El fet de trobar una TATA box a la regió upstream del segon transcrit ens confirma que poden existir aquests exons en la nostra seqüència però que els programes geneid i genscan no han sigut capaços de predir-lo.
Per tal de confirmar aquests resultats hem realitzat una nova cerca directament amb el progrmama MatInspector v2.2 basat en la base de dades TRANSFAC 4.0. Aquí, amb els paràmetres detallats a continuació, s'han obtingut els següent resultats:
Initials Resultats TRANSFAC
Gen predit promotors
Trànscrit 1 promotors
Trànscrit 2 promotors

Taula 3. Resultats del MatInspector v2.2

Fig 15. Possibles promotors de la regió upstream del initial predit
per genscan i geneid. Aquest gràfic s'ha obtingut passant a format gff
el fitxer dels promotors predits mitjançant una comanda gawk.
Com podem observar ens apareixen resultats diferents dels anteriors, trobem una regió TATA box dins de les primeres 100 bases abans de l'inici de transcripció del exó inicial del primer trànscrit, i cap en el segon (que si apareixia amb el PROMO) ni en el gen predit. Però veiem també que apareixen moltes més regions promotores possibles en les regions upstream dels dos trànscrits en comparació amb la del gen predit. Així doncs confirmem el que s'ha dit previament.