Passos per fer la distribució
filogenètica de l’ADH1 i l’ADH3:
La distribució filogenètica de l’ADH1 i
de l’ADH3 s’ha fet a partir dels organismes que mantenen ambdues isoformes per
després poder comparar-les.
Per obtenir les seqüències dels
organismes es va fer un PSI-blast
a partir de l’ADH3 humana (P00326) de la
base de dades swissprot i es va escollir
tots aquells organismes que tenien les dues isoformes: ADH1 i ADH3.
Aquests
organismes són:
La primera entrada de cada organisme correspon a la
seqüència de l’ADH1 i la segona entrada fa referència a la de l’ADH3.
Aquestes seqüències es van agafar en format FASTA (adh1 i adh3) i es va fer un
alineament múltiple amb CLUSTALW.
A partir d’aquí es pot veure l’anàlisi de la varietat d’aminoàcids que formen
la proteïna en la funció JalView (adh1 i adh3).
El resultat obtingut en fer l’aliniament són els fitxers clusadh1.inf i clusadh3.inf, que
es van introduir en el programa Protdist del
paquet PHYLIP per tal d’obtenir el càlcul de les distàncies entre les proteïnes
en una matriu de distàncies. Els fitxers de sortida són adh1.dis
i adh3.dis,
que es van introduir en el programa Neighbour de
PHYLIP per obtenir la representació en forma d’arbre de l’ADH1 (adh1.tre i adh3.tre) dels diferents organismes
analitzats per tal de veure la seva evolució.
L’últim pas de l’anàlisi és fer l’estimació de la
robustesa de l’arbre obtingut (bootstrap) per
saber quines branques són més fiables per analitzar la filogènia. Els passos a
seguir per tal de poder fer aquesta estimació són:
Aquest últim programa ens donarà un outfile
(consadh1.txt i consadh3.txt) i un treefile (consadh1.tre i consadh3.tre) per cada ADH.
Per fer l’anàlisi de l’ADH1 i l’ADH3 en conjunt, vam
seguir els mateixos passos. En aquest cas, però, vam fer l’anàlisi amb el
programa Protpars (PHYLIP) , a més de fer-ho amb
el Neighbour.