Passos per fer la distribuci�
filogen�tica de l�ADH1 i l�ADH3:
La distribuci� filogen�tica de l�ADH1 i
de l�ADH3 s�ha fet a partir dels organismes que mantenen ambdues isoformes per
despr�s poder comparar-les.
Per obtenir les seq��ncies dels
organismes es va fer un PSI-blast
a partir de l�ADH3 humana (P00326) de la
base de dades swissprot i es va escollir
tots aquells organismes que tenien les dues isoformes: ADH1 i ADH3.
Aquests
organismes s�n:
La primera entrada de cada organisme correspon a la
seq��ncia de l�ADH1 i la segona entrada fa refer�ncia a la de l�ADH3.
Aquestes seq��ncies es van agafar en format FASTA (adh1 i adh3) i es va fer un
alineament m�ltiple amb CLUSTALW.
A partir d�aqu� es pot veure l�an�lisi de la varietat d�amino�cids que formen
la prote�na en la funci� JalView (adh1 i adh3).
El resultat obtingut en fer l�aliniament s�n els fitxers clusadh1.inf i clusadh3.inf, que
es van introduir en el programa Protdist del
paquet PHYLIP per tal d�obtenir el c�lcul de les dist�ncies entre les prote�nes
en una matriu de dist�ncies. Els fitxers de sortida s�n adh1.dis
i adh3.dis,
que es van introduir en el programa Neighbour de
PHYLIP per obtenir la representaci� en forma d�arbre de l�ADH1 (adh1.tre i adh3.tre) dels diferents organismes
analitzats per tal de veure la seva evoluci�.
L��ltim pas de l�an�lisi �s fer l�estimaci� de la
robustesa de l�arbre obtingut (bootstrap) per
saber quines branques s�n m�s fiables per analitzar la filog�nia. Els passos a
seguir per tal de poder fer aquesta estimaci� s�n:
Aquest �ltim programa ens donar� un outfile
(consadh1.txt i consadh3.txt) i un treefile (consadh1.tre i consadh3.tre) per cada ADH.
Per fer l�an�lisi de l�ADH1 i l�ADH3 en conjunt, vam
seguir els mateixos passos. En aquest cas, per�, vam fer l�an�lisi amb el
programa Protpars (PHYLIP) , a m�s de fer-ho amb
el Neighbour.