Bioinformàtica - 2on trimestre curs 2006/2007 - UPF
Un 40% de la nota de l'assignatura de Bioinformàtica correspon a l'elaboració d'un treball. L'objectiu d'aquest treball es que utilitzeu els conceptes, les tècniques i les eines que s'han anat veient al llarg de les classes teòriques i pràctiques.
El tipus de treball és el mateix per tothom, es descriu mes endavant en aquest document, i està dimensionat per tal de que no requereixi més supervisió que la que es donarà durant les darreres 6 sessions de pràctiques destinades a tal efecte.
Els treballs hauran de ser presentats en format de pàgina web. La construcció d'aquesta pàgina web l'haureu de fer escrivint vosaltres mateixos el codi HTML de la pàgina; no utilitzeu un programa per dissenyar pàgines web, o que transformi un document qualsevol (e.g., MSword) a format de pàgina web. Es tindrà en compte que els continguts estiguin ben estructurats (titol, resum, introducció, materials i mètodes, resultats i conclusions) i estiguin redactats de forma concisa i clara. Podeu redactar els continguts en català, castellà o anglès. Haureu d'utilitzar un full d'estil (CSS) que hem preparat per tal de que tots els treballs tinguin un aspecte homogeni. Aquest full d'estil el podeu descarregar a través del següent enllaç. L'aspecte visual de la plana principal del treball hauria de ser similar a aquest.
Els fitxers que integren la web del vostre treball (documents HTML, programes en Perl, imatges, etc.) els haureu d'enviar vosaltres mateixos a un servidor web de la facultat per tal de que quedi la plana penjada i poguem avaluar el projecte. Trobareu les instruccions de com penjar el vostre treball al servidor en aquesta web (només accessible des dels ordinadors UPF de l'area del Mar).
Els temes són els següents:
MEPAPARSPRPQQDPARPQEPTMPPPETPSEGRQPSPSPSPTERAPASEEEFQFLRCQQCQAEAKCPKLL PCLHTLCSGCLEASGMQCPICQAPWPLGADTPALDNVFFESLQRRLSVYRQIVDAQAVCTRCKESADFWC FECEQLLCAKCFEAHQWFLKHEARPLAELRNQSVREFLDGTRKTNNIFCSNPNHRTPTLTSIYCRGCSKP LCCSCALLDSSHSELKCDISAEIQQRQEELDAMTQALQEQDSAFGAVHAQMHAAVGQLGRARAETEELIR ERVRQVVAHVRAQERELLEAVDARYQRDYEEMASRLGRLDAVLQRIRTGSALVQRMKCYASDQEVLDMHG FLRQALCRLRQEEPQSLQAAVRTDGFDEFKVRLQDLSSCITQGKAIETQSSSSEEIVPSPPSPPPLPRIY KPCFVCQDKSSGYHYGVSACEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKCFEVGMSK ESVRNDRNKKKKEVPKPECSESYTLTPEVGELIEKVRKAHQETFPALCQLGKYTTNNSSEQRVSLDIDLW DKFSELSTKCIIKTVEFAKQLPGFTTLTIADQITLLKAACLDILILRICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRT QMHNAGFGPLTDLVFAFANQLLPLEMDDAETGLLSAICLICGDRQDLEQPDRVDMLQEPLLEALKVYVRK RRPSRPHMFPKMLMKITDLRSISAKGAERVITLKMEIPGSMPPLIQEMLENSEGLDTLSGQPGGGGRDGG GLAPPPGSCSPSLSPSSNRSSPATHSP
MVKLANPLYTEWILEAIKKVKKQKQRPSEERICNAVSSSHGLDRKTVLEQLELSVKDGTILKVSNKGLNS YKDPDNPGRIALPKPRNHGKLDNKQNVDWNKLIKRAVEGLAESGGSTLKSIERFLKGQKDVSALFGGSAA SGFHQQLRLAIKRAIGHGRLLKDGPLYRLNTKATNVDGKESCESLSCLPPVSLLPHEKDKPVAEPIPICS FCLGTKEQNREKKPEELISCADCGNSGHPSCLKFSPELTVRVKALRWQCIECKTCSSCRDQGKNADNMLF CDSCDRGFHMECCDPPLTRMPKGMWICQICRPRKKGRKLLQKKAAQIKRRYTNPIGRPKNRLKKQNTVSK GPFSKVRTGPGRGRKRKITLSSQSASSSSEEGYLERIDGLDFCRDSNVSLRFNKKTKGLIDGLTKFFTPS PDGRKARGEVVDYSEQYRIRKRGNRKSSTSDWPTDNQDGWDGKQENEERLFGSQEIMTEKDMELFRDIQE QALQKVGVTGPPDPQVRCPSVIEFGKYEIHTWYSSPYPQEYSRLPKLYLCEFCLKYMKSRTILQQHMKKC GWFHPPANEIYRKNNISVFEVDGNVSTIYCQNLCLLAKLFLDHKTLYYDVEPFLFYVLTQNDVKGCHLVG YFSKEKHCQQKYNVSCIMILPQYQRKGYGRFLIDFSYLLSKREGQAGSPEKPLSDLGRLSYMAYWKSVIL ECLYHQNDKQISIKKLSKLTGICPQDITSTLHHLRMLDFRSDQFVIIRREKLIQDHMAKLQLNLRPVDVD PECLRWTPVIVSNSVVSEEEEEEAEEGENEEPQCQERELEISVLEKYPNTPMSHKEILQVIQREGLKEIR SGTSPLACLNAMLHTNSRGEEGIFYKVPGRMGVYTLKKDVPDGVKELSEGSEESSDGQSDSQSSENSSSS SDGGSNKEGKKSRWKRKVSSSSPQSGCPSPTIPAGKVISPSQKHSKKALKQALKQQQQKKQQQQCRPSIS ISSNQHLSLKTVKAASDSVPAKPATWEGKQSDGQTGSPQNSNSSFSSSVKVENTLLGLGKKSFQRSERLH TRQMKRTKCADIDVETPDSILVNTNLRALINKHTFSVLPGDCQQRLLLLLPEVDRQVGPDGLMKLNGSAL NNEFFTSAAQGWKERLSEGEFTPEMQVRIRQEIEKEKKVEPWKEQFFESYYGQSSGLSLEDSKKLTASPS DPKVKKTPAEQPKSMPVSEASLIRIVPVVSQSECKEEALQMSSPGRKEECESQGEVQPNFSTSSEPLLSS ALNTHELSSILPIKCPKDEDLLEQKPVTSAEQESEKNHLTTASNYNKSESQESLVTSPSKPKSPGVEKPI VKPTAGAGPQETNMKEPLATLVDQSPESLKRKSSLTQEEAPVSWEKRPRVTENRQHQQPFQVSPQPFLNR GDRIQVRKVPPLKIPVSRISPMPFHPSQVSPRARFPVSITSPNRTGARTLADIKAKAQLVKAQRAAAAAA AAAAAAASVGGTIPGPGPGGGQGPGEGGEGQTARGGSPGSDRVSETGKGPTLELAGTGSRGGTRELLPCG PETQPQSETKTTPSQAQPHSVSGAQLQQTPPVPPTPAVSGACTSVPSPAHIEKLDNEKLNPTRATATVAS VSHPQGPSSCRQEKAPSPTGPALISGASPVHCAADGTVELKAGPSKNIPNPSASSKTDASVPVAVTPSPL TSLLTTATLEKLPVPQVSATTAPAGSAPPSSTLPAASSLKTPGTSLNMNGPTLRPTSSIPANNPLVTQLL QGKDVPMEQILPKPLTKVEMKTVPLTAKEERGMGALIATNTTENSTREEVNERQSHPATQQQLGKTLQSK QLPQVPRPLQLFSAKELRDSSIDTHQYHEGLSKATQDQILQTLIQRVRRQNLLSVVPPSQFNFAHSGFQL EDISTSQRFMLGFAGRRTSKPAMAGHYLLNISTYGRGSESFRRTHSVNPEDRFCLSSPTEALKMGYTDCK NATGESSSSKEDDTDEESTGDEQESVTVKEEPQVSQSAGKGDTSSGPHSRETLSTSDCLASKNVKAEIPL NEQTTLSKENYLFTRGQTFDEKTLARDLIQAAQKQMAHAVRGKAIRSSPELFSSTVLPLPADSPTHQPLL LPPLQTPKLYGSPTQIGPSYRGMINVSTSSDMDHNSAVPGSQVSSNVGDVMSFSVTVTTIPASQAMNPSS HGQTIPVQAFSEENSIEGTPSKCYCRLKAMIMCKGCGAFCHDDCIGPSKLCVSCLVVR
MEDSMDMDMSPLRPQNYLFGCELKADKDYHFKVDNDENEHQLSLRTVSLGAGAKDELHIVEAEAMNYEGS PIKVTLATLKMSVQPTVSLGGFEITPPVVLRLKCGSGPVHISGQHLVVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKL SKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVK TLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMAGGDLKSFLRETRPRPSQPSS LAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAM LPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLWEIFSLGYMPYPSKSNQEVLEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYR IMTQCWQHQPEDRPNFAIILERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEEEKVPVRPKDPEGVPPLLVSQQA KREEERSPAAPPPLPTTSSGKAAKKPTAAEVSVRVPRGPAVEGGHVNMAFSQSNPPSELHKVHGSRNKPT SLWNPTYGSWFTEKPTKKNNPIAKKEPHDRGNLGLEGSCTVPPNVATGRLPGASLLLEPSSLTANMKEVP LFRLRHFPCGNVNYGYQQQGLPLEAATAPGAGHYEDTILKSKNSMNQPGP
MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQQSYSGYSQSTDTSGYGQSSYSSYGQSQNTGYGTQS TPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSSSQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQ QSYGQQQSYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGGNYGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQ QDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSSGGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGVFKKEVYLHTSPHL KADVLFQTDPTAEMAAESLPFSFGTLSSWELEAWYEDLQEVLSSDENGGTYVSPPGNEEEESKIFTTLDP ASLAWLTEEEPEPAEVTSTSQSPHSPDSSQSSLAQEEEEEDQGRTRKRKQSGHSPARAGKQRMKEKEQEN ERKVAQLAEENERLKQEIERLTREVEATRRALIDRMVNLHQA
MEELSADEIRRRRLARLAGGQTSQPTTPLTSPQRENPPGPPIAASAPGPSQSLGLNVHNMTPATSPIGAA DNIAVRGLHVGQHHQLLPMDSSKKTEVVLLACGSFNPITNMHLRLFELAKDYMHATGKYSVIKGIISPVG DAYKKKGLIPAHHRIIMAELATKNSHWVEVDTWESLQKEWVETVKVLRYHQEKLATGSCSYPQSSPALEK PGRKRKWADQKQDSSPQKPQEPKPTGVPKVKLLCGADLLESFSVPNLWKMEDITQIVANFGLICITRAGS DAQKFIYESDVLWRHQSNIHLVNEWITNDISSTKIRRALRRGQSIRYLVPDLVQEYIEKHELYNTESEGR NAGVTLAPLQRNAAEAKHNHSTL
MRIPVDASTSRRFTPPSTALSPGKMSEALPLGAPDAGAALAGKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNF LCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDGTLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRS GRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPRNRTEKHSTMPDSPVDVKTQSRLTPPTMPPPPTT QGAPRTSSFTPTTLTNGTSHSPTALNGAPSPPNGFSNGPSSSSSSSLANQQLPPACGARQLSKLKRFLTT LQQFGNDISPEIGERVRTLVLGLVNSTLTIEEFHSKLQEATNFPLRPFVIPFLKANLPLLQRELLHCARL AKQNPAQYLAQHEQLLLDASTTSPVDSSELLLDVNENGKRRTPDRTKENGFDREPLHSEHPSKRPCTISP GQRYSPNNGLSYQPNGLPHPTPPPPQHYRLDDMAIAHHYRDSYRHPSHRDLRDRNRPMGLHGTRQEEMID HRLTDREWAEEWKHLDHLLNCIMDMVEKTRRSLTVLRRCQEADREELNYWIRRYSDAEDLKKGGGSSSSH SRQQSPVNPDPVALDAHREFLHRPASGYVPEEIWKKAEEAVNEVKRQAMTELQKAVSEAERKAHDMITTE RAKMERTVAEAKRQAAEDALAVINQQEDSSESCWNCGRKASETCSGCNTARYCGSFCQHKDWEKHHHICG QTLQAQQQGDTPAVSSSVTPNSGAGSPMDTPPAATPRSTTPGTPSTIETTPR
MRIPVDASTSRRFTPPSTALSPGKMSEALPLGAPDAGAALAGKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNF LCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDGTLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRS GRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPRNNECVYGNYPEIPLEEMPDADGVASTPSLNIQE PCSPATSSEAFTPKEGSPYKAPIYIPDDIPIPAEFELRESNMPGAGLGIWTKRKIEVGEKFGPYVGEQRS NLKDPSYGWEILDEFYNVKFCIDASQPDVGSWLKYIRFAGCYDQHNLVACQINDQIFYRVVADIAPGEEL LLFMKSEDYPHETMAPDIHEERQYRCEDCDQLFESKAELADHQKFPCSTPHSAFSMVEEDFQQKLESEND LQEIHTIQECKECDQVFPDLQSLEKHMLSHTEEREYKCDQCPKAFNWKSNLIRHQMSHDSGKHYECENCA KVFTDPSNLQRHIRSQHVGARAHACPECGKTFATSSGLKQHKHIHSSVKPFICEVCHKSYTQFSNLCRHK RMHADCRTQIKCKDCGQMFSTTSSLNKHRRFCEGKNHFAAGGFFGQGISLPGTPAMDKTSMVNMSHANPG LADYFGANRHPAGLTFPTAPGFSFSFPGLFPSGLYHRPPLIPASSPVKGLSSTEQTNKSQSPLMTHPQIL PATQDILKALSKHPSVGDNKPVELQPERSSEERPFEKISDQSESSDLDDVSTPSGSDLETTSGSDLESDI ESDKEKFKENGKMFKDKVSPLQNLASINNKKEYSNHSIFSPSLEEQTAVSGAVNDSIKAIASIAEKYFGS TGLVGLQDKKVGALPYPSMFPLPFFPAFSQSMYPFPDRDLRSLPLKMEPQSPGEVKKLQKGSSESPFDLT TKRKDEKPLTPVPSKPPVTPATSQDQPLDLSMGSRSRASGTKLTEPRKNHVFGGKKGSNVESRPASDGSL QHARPTPFFMDPIYRVEKRKLTDPLEALKEKYLRPSPGFLFHPQMSAIENMAEKLESFSALKPEASELLQ SVPSMFNFRAPPNALPENLLRKGKERYTCRYCGKIFPRSANLTRHLRTHTGEQPYRCKYCDRSFSISSNL QRHVRNIHNKEKPFKCHLCDRCFGQQTNLDRHLKKHENGNMSGTATSSPHSELESTGAILDDKEDAYFTE IRNFIGNSNHGSQSPRNVEERMNGSHFKDEKALVTSQNSDLLDDEEVEDEVLLDEEDEDNDITGKTGKEP VTSNLHEGNPEDDYEETSALEMSCKTSPVRYKEEEYKSGLSALDHIRHFTDSLKMRKMEDNQYSEAELSS FSTSHVPEELKQPLHRKSKSQAYAMMLSLSDKESLHSTSHSSSNVWHSMARAAAESSAIQSISHV
MAGAEDWPGQQLELDEDEASCCRWGAQHAGARELAALYSPGKRLQEWCSVILCFSLIAHNLVHLLLLARW EDTPLVILGVVAGALIADFLSGLVHWGADTWGSVELPIVGKAFIRPFREHHIDPTAITRHDFIETNGDNC LVTLLPLLNMAYKFRTHSPEALEQLYPWECFVFCLIIFGTFTNQIHKWSHTYFGLPRWVTLLQDWHVILP RKHHRIHHVSPHETYFCITTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPR TIYENRIYSLKIECGPKYPEAPPFVRFVTKINMNGVNSSNGVVDPRAISVLAKWQNSYSIKVVLQELRRL MMSKENMKLPQPPEGQCYSN
MSAGEVERLVSELSGGTGGDEEEEWLYGGPWDVHVHSDLAKDLDENEVERPEEENASANPPSGIEDETAE NGVPKPKVTETEDDSDSDSDDDEDDVHVTIGDIKTGAPQYGSYGTAPVNLNIKTGGRVYGTTGTKVKGVD LDAPGSINGVPLLEVDLDSFEDKPWRKPGADLSDYFNYGFNEDTWKAYCEKQKRIRMGLEVIPVTSTTNK ITAEDCTMEVTPGAEIQDGRFNLFKVQQGRTGNSEKETALPSTKAEFTSPPSLFKTGLPPSRNSTSSQSQ TSTASRKANSSVGKWQDRYGRAESPDLRRLPGAIDVIGQTITISRVEGRRRANENSNIQLPYDSRWEFPR DGLVLGRVLGSGAFGKVVEGTAYGLSRSQPVMKVAVKMLKPTARSSEKQALMSELKIMTHLGPHLNIVNL LGACTKSGPIYIITEYCFYGDLVNYLHKNRDSFLSHHPEKPKKELDIFGLNPADESTRSYVILSFENNGD YMDMKQADTTQYVPMLERKEVSKYSDIQRSLYDRPASYKKKSMLDSEVKNLLSDDNSEGLTLLDLLSFTY QVARGMEFLASKNCVHRDLAARNVLLAQGKIVKICDFGLARDIMHDSNYVSKGSTFLPVKWMAPESIFDN LYTTLSDVWSYGILLWEIFSLGGTPYPGMMVDSTFYNKIKSGYRMAKPDHATSEVYEIMVKCWNSEPEKR PSFYHLSEIVENLLPGQYKKSYEKIHLDFLKSDHPAVARMRVDSDNAYIGVTYKNEEDKLKDWEGGLDEQ RLSADSGYIIPLPDIDPVPEEEDLGKRNRHSSQTSEESAIETGSSSSTFIKREDETIEDIDMMDDIGIDS SDLVEDSFL
MVILRDKIRFYEELQRDKAAAAAVLGAVRKRPSVVPMAGQDPALSTSHPFYDVARHGILQVAGDDRFGRR VVTFSCCRMPPSHELDHQRLLEYLKYTLDQYVENDYTIVYFHYGLNSRNKPSLGWLQSAYKEFDRKYKKN LKALYVVHPTSFIKVLWNILKPLISHKFGKKVIYFNYLSELHEHLKYDQLVIPPEVLRYDEKLQSLHEGR TPPPTKTPPPRPPLPTQQFGVSLQYLKDKNQGELIPPVLRFTVTYLREKGLRTEGLFRRSASVQTVREIQ RLYNQGKPVNFDDYGDIHIPAVILKTFLRELPQPLLTFQAYEQILGITCVESSLRVTGCRQILRSLPEHN YVVLRYLMGFLHAVSRESIFNKMNSSNLACVFGLNLIWPSQGVSSLSALVPLNMFTELLIEYYEKIFSTP EAPGEHGLAPWEQGSRAAPLQEAVPRTQATGLTKPTLPPSPLMAARRRL