#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $proteins_fasta;
my $selenoproteineshuma; #fitxer selenoproteïnes humà
my $selenoproteineshuma_definitiu; #fitxer selenoproteines definitiu
my $new_dir;
my $protein;

print "How do you want to name the new dir?:\n";
$new_dir = <STDIN>;
chomp $new_dir;
print "please, insert fasta file with all the proteins\n";
$proteins_fasta = <STDIN>;
chomp $proteins_fasta;
#print "$new_dir\n";
#print "$protein_fasta\n";
mkdir "$new_dir";

open(FASTA, "$proteins_fasta.fa") || die("can't open $proteins_fasta.fa\n"); #si no pot obrir el fitxer multifasta ho mostra

my $i = 0;
while(<FASTA>) {
	$i = $i + 1;
	my @vector = split(//,$_);
	if ($vector[0] eq '>' && $i == 1) { #per la primera proteina es crea el primer fitxer 
	    	my @nomfitxer = split(/_/, $_); #el nom de fitxer serà el nom de la proteïna fins _ 
	    	@nomfitxer = split(/>/,$nomfitxer[0]); #eliminar el signe > situat al davant el nom
	    	my $def_nom = $nomfitxer[1];
		mkdir "$new_dir/$def_nom"; #crear carpeta amb el nom de la proteïna
		open($protein, '>', "$new_dir/$def_nom/$def_nom.fa");
	}
	
	if ($vector[0] eq '>' && $i != 1) { #creació de fitxers per cada proteïna
		close($protein);
		my @nomfitxer = split(/_/, $_); 
	    	@nomfitxer = split(/>/,$nomfitxer[0]); 
	    	my $def_nom = $nomfitxer[1];
		mkdir "$new_dir/$def_nom";
		open($protein, '>', "$new_dir/$def_nom/$def_nom.fa");
    	}
	print {$protein} $_;
}

close($protein);