#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $i=1;
my $name="name";

open (IN, "<", $ARGV[0]);

while (<IN>) {
    chomp(my $line = $_);
    my @list = split(/\t/,$line);

    if ($name eq $list[0]){
	$i=$i+1;
    } else {
	$i=1;
    }

    $name = $list[0];
    my $start = $list[3];
    my $end = $list[4];
    my $strand;
    my $start2;
    my $end2;
    my $lengthcontig = $list[7];
    my $length;

    
    if ($start < $end) {
	$strand = 1;
#La cadena amb sentit s'identifica amb un 1.
	$start2 = $start - 50000;
	$end2= $end + 50000;
    } else {
	$strand = 0;
#La cadena antisentit s'identifica amb un 0.
	$start2 = $end - 50000;
	$end2 = $start + 50000;
#Si es troba en la cadena antisentit, el fastasub agafarà els nucleòtids que toquin però en el sentit positiu. Tenir-ho en compte perquè en algun programa s'haurà de posar.
    }

    if ($start2<=0){
	$start2 = 1;
    }
    if ($end2 > $lengthcontig) {
	$end2 = $lengthcontig;
    }

    $length = $end2 - $start2;

    print "$i\t$name\t$strand\t$start2\t$length\n";
}
close IN;
