Command line: [exonerate -m p2g --showtargetgff -q SEPHS2.fa -t SEPHS2.subseq]
Hostname: [ws101069u]

C4 Alignment:
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         Query: SPP00000064_2.0 # Protein # Selenophosphate synthetase 2 (SEPHS2) # Human 
        Target: JSZB01033562.1 Manis javanica isolate MP_PG03-UM SCAFFOLD44778, whole genome shotgun sequence
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 2114
   Query range: 0 -> 483
  Target range: 17436 -> 18889

     1 : MetAlaGluAlaSerAlaThrGlyAlaCysGlyGluAla<-><-><->MetAlaAlaAla :    17
         ||||||||||||:!!|||:!!|||||| ! |||||||||           !|||||||||
         MetAlaGluAlaAlaAlaSerGlyAlaArgGlyGluAlaAlaAlaValAlaAlaAlaAla
 17437 : ATGGCGGAAGCCGCGGCATCGGGCGCCAGAGGAGAGGCGGCGGCCGTGGCGGCGGCGGCG : 17494

    18 : GluGlySerSerGlyProAlaGlyLeuThrLeuGlyArgSerPheSerAsnTyrArgPro :    37
         |||||||||||||||! !|||||||||:!!|||||||||.!!||||||!:!||||||! !
         GluGlySerSerGlyLeuAlaGlyLeuSerLeuGlyArgGlyPheSerSerTyrArgHis
 17495 : GAAGGCTCGTCGGGCCTGGCTGGCTTGTCTCTGGGCCGGGGCTTCTCGAGCTACCGGCAC : 17554

    38 : PheGluProGlnAlaLeuGlyLeuSerProSerTrpArgLeuThrGlyPheSerGlyMet :    57
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         PheGluProGlnAlaLeuGlyLeuSerProSerTrpArgLeuThrGlyPheSerGlyMet
 17555 : TTCGAACCCCAGGCGTTGGGCCTCAGCCCGAGCTGGCGGCTGACGGGCTTCTCTGGCATG : 17614

    58 : LysGlyUnkGlyCysLysValProGlnGluAlaLeuLeuLysLeuLeuAlaGlyLeuThr :    77
         ||||||   |||||||||||||||||||||.!!|||||||||||||||||||||||||||
         LysGly***GlyCysLysValProGlnGluThrLeuLeuLysLeuLeuAlaGlyLeuThr
 17615 : AAGGGCTGAGGCTGCAAGGTCCCGCAGGAGACCCTGCTCAAACTCCTGGCGGGACTGACG : 17674

    78 : ArgProAspValArgProProLeuGlyArgGlyLeuValGlyGlyGlnGluGluAlaSer :    97
         |||||||||||||||||||||      !:!|||||||||||||||!!.||||||!.!:!!
         ArgProAspValArgProPro------GlnGlyLeuValGlyGlyHisGluGluValAla
 17675 : CGGCCGGACGTGCGGCCCCCT------CAGGGCCTGGTCGGAGGCCATGAAGAGGTGGCC : 17728

    98 : GlnGluAlaGlyLeuProAlaGlyAlaGlyProSerProThrPheProAlaLeuGlyIle :   117
         ||||||!.!||||||||||||.!!!.!! !|||! !||||||||||||||||||||||||
         GlnGluValGlyLeuProAlaSerGlyAspProIleProThrPheProAlaLeuGlyIle
 17729 : CAGGAAGTAGGTCTGCCGGCCAGCGGGGACCCCATCCCAACCTTTCCAGCCCTGGGCATT : 17788

   118 : GlyMetAspSerCysValIleProLeuArgHisGlyGlyLeuSerLeuValGlnThrThr :   137
         |||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyLeuAspSerCysValIleProLeuArgHisGlyGlyLeuSerLeuValGlnThrThr
 17789 : GGGCTGGACTCCTGCGTCATACCCCTGAGGCACGGGGGTCTGTCGCTGGTACAGACCACG : 17848

   138 : AspPhePheTyrProLeuValGluAspProTyrMetMetGlyArgIleAlaCysAlaAsn :   157
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         AspPhePheTyrProLeuValGluAspProTyrMetMetGlyArgIleAlaCysAlaAsn
 17849 : GACTTCTTTTACCCCTTGGTAGAAGATCCCTACATGATGGGGCGAATAGCTTGTGCCAAC : 17908

   158 : ValLeuSerAspLeuTyrAlaMetGlyIleThrGluCysAspAsnMetLeuMetLeuLeu :   177
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ValLeuSerAspLeuTyrAlaMetGlyIleThrGluCysAspAsnMetLeuMetLeuLeu
 17909 : GTGCTGAGTGACCTCTACGCCATGGGCATTACTGAATGTGACAACATGTTGATGTTACTC : 17968

   178 : SerValSerGlnSerMetSerGluGluGluArgGluLysValThrProLeuMetValLys :   197
         ||||||||||||!:!|||!!!||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
         SerValSerGlnAsnMetThrGluGluGluArgGluLysIleThrProLeuMetIleLys
 17969 : AGCGTCAGCCAGAATATGACTGAGGAAGAACGAGAAAAAATAACACCACTAATGATCAAA : 18028

   198 : GlyPheArgAspAlaAlaGluGluGlyGlyThrAlaValThrGlyGlyGlnThrValVal :   217
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyPheArgAspAlaAlaGluGluGlyGlyThrAlaValThrGlyGlyGlnThrValVal
 18029 : GGCTTCCGGGATGCTGCTGAGGAAGGAGGGACTGCAGTGACTGGTGGACAAACAGTCGTA : 18088

   218 : AsnProTrpIleIleIleGlyGlyValAlaThrValValCysGlnProAsnGluPheIle :   237
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         AsnProTrpIleIleIleGlyGlyValAlaThrValValCysGlnProAsnGluPheIle
 18089 : AATCCTTGGATAATCATCGGTGGAGTTGCCACTGTGGTATGTCAGCCTAATGAATTCATA : 18148

   238 : MetProAspSerAlaValValGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyThrGln :   257
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         MetProAspSerAlaValValGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyThrGln
 18149 : ATGCCTGACAGTGCAGTTGTGGGGGATGTACTCGTGTTAACCAAACCCTTAGGAACCCAA : 18208

   258 : ValAlaValAsnAlaHisGlnTrpLeuAspAsnProGluArgTrpAsnLysValLysMet :   277
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||!!:||||||||||||:!!||||||
         ValAlaValAsnAlaHisGlnTrpLeuAspAsnProAspArgTrpAsnLysIleLysMet
 18209 : GTTGCTGTCAATGCCCACCAGTGGCTGGATAATCCAGACAGATGGAATAAGATAAAGATG : 18268

   278 : ValValSerArgGluGluValGluLeuAlaTyrGlnGluAlaMetPheAsnMetAlaThr :   297
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!||||||||||||
         ValValSerArgGluGluValGluLeuAlaTyrGlnGluAlaMetLeuAsnMetAlaThr
 18269 : GTAGTCTCCAGAGAAGAGGTAGAGCTGGCCTATCAGGAAGCCATGCTCAATATGGCAACC : 18328

   298 : LeuAsnArgThrAlaAlaGlyLeuMetHisThrPheAsnAlaHisAlaAlaThrAspIle :   317
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         LeuAsnArgThrAlaAlaGlyLeuMetHisThrPheAsnAlaHisAlaAlaThrAspIle
 18329 : CTAAACAGAACTGCTGCTGGATTAATGCACACATTTAATGCCCATGCAGCCACAGATATC : 18388

   318 : ThrGlyPheGlyIleLeuGlyHisSerGlnAsnLeuAlaLysGlnGlnArgAsnGluVal :   337
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ThrGlyPheGlyIleLeuGlyHisSerGlnAsnLeuAlaLysGlnGlnArgAsnGluVal
 18389 : ACAGGCTTTGGCATTCTAGGACACTCTCAGAACCTTgcaaaacaacaaagaaatgagGTG : 18448

   338 : SerPheValIleHisAsnLeuProIleIleAlaLysMetAlaAlaValSerLysAlaSer :   357
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!:!!||||||||||||
         SerPheValIleHisAsnLeuProIleIleAlaLysMetAlaThrIleSerLysAlaSer
 18449 : TCCTTTGTCATTCATAATCTGCCAATCATTGCCAAGATGGCCACCATCAGCAAGGCCAGT : 18508

   358 : GlyArgPheGlyLeuLeuGlnGlyThrSerAlaGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCys :   377
         ||| !!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyCysPheGlyLeuLeuGlnGlyThrSerAlaGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCys
 18509 : GGGTGCTTTGGGCTCCTTCAGGGAACTTCAGCAGAAACTTCCGGGGGATTACTGATTTGC : 18568

   378 : LeuProArgGluGlnAlaAlaArgPheCysSerGluIleLysSerSerLysTyrGlyGlu :   397
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         LeuProArgGluGlnAlaAlaArgPheCysSerGluIleLysSerSerLysTyrGlyGlu
 18569 : CTGCCAAGAGAACAGGCAGCCCGCTTTTGTTCTGAAATCAAATCTTCCAAGTATGGAGAG : 18628

   398 : GlyHisGlnAlaTrpIleValGlyIleValGluLysGlyAsnArgThrAlaArgIleIle :   417
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyHisGlnAlaTrpIleValGlyIleValGluLysGlyAsnArgThrAlaArgIleIle
 18629 : GGTCACCAAGCATGGATTGTGGGCATTGTGGAAAAGGGAAACCGGACAGCCCGGATCATT : 18688

   418 : AspLysProArgValIleGluValLeuProArgGlyAlaThrAlaAlaValLeuAlaPro :   437
         ||||||||||||||||||||||||||||||!.!||||||||||||.!!!.!|||||||||
         AspLysProArgValIleGluValLeuProHisGlyAlaThrAlaThrAlaLeuAlaPro
 18689 : GACAAGCCTCGAGTTATTGAGGTCCTACCTCATGGGGCCACTGCTACTGCTCTTGCTCCT : 18748

   438 : AspSerSerAsnAlaSerSerGluProSerSerUnkAspGluArgThrGluValValTrp :   457
         |||!:!|||!:!||||||||||||! !||||||   :!!    !!|||! !|||||||||
         AspAsnSerSerAlaSerSerGluArgSerSer***Asn---GlyThrAlaValValTrp
 18749 : GACAATTCCAGTGCCTCCTCTGAGCGTAGCTCCTGAAAT---GGAACAGCAGTTGTTTGG : 18805

   458 : ThrLeuGluProLeuSerThrIleThrAspGlySerGlnGluLeuIleVal----ArgAs :   476
         |||||||||||||||  !||||||! !! !! !:!!|||! !||||||   ####|||||
         ThrLeuGluProLeuHisThrIleMetGlyAspAlaGlnGlyLeuIlePhe####ArgAs
 18806 : ACTTTAGAGCCTTTGCATACAATCATGGGTGATGCTCAAGGGttgatttttaagaagaaa : 18866

   477 : nPheGlnArgArgLeuProAla :   483
         ||||||||||||||||||||||
         nPheGlnArgArgLeuProAla
 18867 : tttcCAAAGAAGGCTGCCTGCA : 18889

vulgar: SPP00000064_2.0 0 483 . JSZB01033562.1 17436 18889 + 2114 M 13 39 G 0 9 M 71 213 G 2 0 M 364 1092 G 1 0 M 23 69 F 0 4 M 9 27
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#
#
##gff-version 2
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# seqname source feature start end score strand frame attributes
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JSZB01033562.1	exonerate:protein2genome:local	gene	17437	18889	2114	+	.	gene_id 1 ; sequence SPP00000064_2.0 ; gene_orientation .
JSZB01033562.1	exonerate:protein2genome:local	cds	17437	18889	.	+	.	
JSZB01033562.1	exonerate:protein2genome:local	exon	17437	18889	.	+	.	insertions 9 ; deletions 3 ; frameshifts 4
JSZB01033562.1	exonerate:protein2genome:local	similarity	17437	18889	2114	+	.	alignment_id 1 ; Query SPP00000064_2.0 ; Align 17437 1 39 ; Align 17485 14 213 ; Align 17698 87 1092 ; Align 18790 452 69 ; Align 18863 475 27
# --- END OF GFF DUMP ---
#
-- completed exonerate analysis