###### PASSAR DE MULTIFASTA A DIVERSOS FASTA ######

my $proteines_multifasta = 'proteines_multifasta.fa';
my @vector; # Vector en el qual emmagatzarem cada linia del nostre document multifasta
my @n; # Vector en el qual emmagatzamem les primeres linies de cada proteina, les que començen amb >, per tal de donar nom al document
my $nomfitxer;

my $comptador = 1; #comptador que evita que es tanqui un document la primera vegada que entrem al bucle el qual encara no hem obert, i si ens tanqui els documenta en la resta de voltes

open (FASTA, $proteines_multifasta)|| die ("can't open $proteines_multifasta"); # Obres el document multifasta sote el head FASTA
system ("mkdir ./selenoproteines"); # Accio de crear una carpeta al home que s'anomenara com la proteina i on guardarem la proteina corresponent


while (<FASTA>) #Mentre que hi hagin linies al document, el bucle anira fent
{
 @vector = split (//,$_); # Emmagatzemar cada linia en questio en el vector
 if($vector[0] eq ">") # Amb aquest if només hi entrarem si ens trobem en la primera linia de un sequencia, per aixo obrirem un vector
 {
   if ($comptador != 1) # Aquest if el fem servir per poder tencar el documents un cop hem arribat a una nova sequencia, i ho posem aixi per que es la manera per evitar tencar un document inexistent en el cas del primer
   {
	   close OUTPUT;
   }
   $comptador = $comptador + 1;
   @n = split (" ", $_);
   $nomfitxer = substr ($n[0], 1); # Aquí escollim la primera posicio del vector n (que es la primera linia de cada proteina) que sera el nom de la proteina, i eliminem la primera posicio que sera el >
   system ("mkdir ./selenoproteines/$nomfitxer"); # Accio de crear una carpeta al home que s'anomenara com la proteina i on guardarem la proteina corresponent
      
   open (OUTPUT, ">", "./selenoproteines/$nomfitxer/$nomfitxer.fa"); # obrir documentfasta sota el nom de la variable i sota un head OUTPUT (que no variara en tot el programa, nomes variara el nom del fitxer)
 }
 print OUTPUT $_; # aquest print va incloent les linies d'aminoacids dins del document fasta fins que es torna a trobar un >
}