#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $koffee = '/home/uXXXXX/koffee';
my $translate_U = '/home/uXXXXX/translate_U';
my $fh;
my $translate = '/home/uXXXXX/translate';
my $numprot;
my @a;


mkdir $translate_U unless -d $translate_U; #crea directori translate
mkdir $koffee unless -d $koffee; #crea directori pel t_coffee

opendir(DIR, $translate) or die "no s'obre el directori translate\n"; #obrim el directori o morim en l'intent
my @files = readdir(DIR); #creem un vector que conte els fitxers (prot i punts) que llegeix dins del directori
foreach my $fitxer (@files){ #per cadascun dels fitxers dins del conjunt del directori entrem en les seguents comandes (ES UN LOOP)
   my @np = split (//, $fitxer); #creem un vector que contingui el nom del fitxer
    $numprot = $np[2].$np[3].$np[4]; #agafem les posicions del vector que contenen el num de la proteina
    open($fh, '<:encoding(UTF-8)',"/home/uXXXXX/translate/$fitxer") or die "No he pogut obrir l'arxiu translate\n"; #obrir o morir si no es pot obrir el fitxer
    while (my $row = <$fh>) { #mentres que la linia existeixi al fitxer
	    chomp $row; #sempre
	    @a = split(//, $row);
	    foreach (@a) {
		tr/*/U/; #canviem tots els * que conté el fitxer per U.
	    }
	    open (OUTFILE, '>>', "/home/uXXXXX/translate_U/$fitxer");
	    print OUTFILE "@a\n";
	    close (OUTFILE);
    }
    system (`t_coffee /home/uXXXXX/prots_senseu/zf$numprot.prot /home/uXXXXX/translate_U/$fitxer > /home/uXXXXX/koffee/$fitxer.koff`); 
}
