#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings; 

my $zf_prot = 'zf_prot'; #estem creant una variable al directori
my @nomfprot; #declarant el vector que engloba el nom de tots els fitxers  
my $blast= './blast';#estem creant una variable al directori

opendir(DIR, $zf_prot) or die "no es pot obrir el directori\n"; #obrim el directori o morim en l'intent
my @files = readdir(DIR); #creem un vector que conte els fitxers (prot i punts) que llegeix dins del directori
mkdir $blast unless -d $blast; #crea directori blast

foreach my $fitxer (@files) { #per cadascun dels fitxers dins del conjunt del directori entrem en les seguents comandes (ES UN LOOP)
    @nomfprot = split(//, $fitxer); #omplim el vector amb el nom del fitxer de cada volta del loop foreach
      if ($nomfprot[6] eq 'p'){  #nomes agafem els fitxers que siguin .prot (ho hem fet pq hi ha fitxers buits que tenen punts i els volem treure)
	my $numprot = $nomfprot[2].$nomfprot[3].$nomfprot[4];
	system (`blastall -p tblastn -i ./zf_prot/$fitxer -d /cursos/BI/genomes/2015/Scleropages_formosus/genome.fa -e 1e-4 -m8 > ./blast/sf$numprot.blast.fa`);

    }
}
die

