#!/bin/bash
# El programa en perl és elaborat per:Eloi Mallofré, Isabel Pérez, Aida Ripoll i Carla San Martín.
# Aquest script analitza si una query donada es troba dins del genoma de Nanorana parkeri.
# Per algun altre dubte, poseu-vos en contacte amb algun dels membres del grup. 

clear

# EXPORTS

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH                                         # pel fastaseqfromGFF.pl
export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/x64/bin:$PATH                       # pel NCBI Blast
cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/                                   # pel NCBI Blast 
export PATH=/cursos/BI/soft/exonerate/x86_64/bin:$PATH                   # per l'exonerate
export PATH=/cursos/BI/soft/t_coffee/x86_64/bin:$PATH                    # pel t_coffee
export PATH=/cursos/BI/soft/genewise/x86_64/bin:$PATH                    # pel GeneWise
export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/genewise/x86_64/wise2.2.0/wisecfg/  # pel GeneWise

# CRIDA EL PROGRAMA PROGRAMA.PL

perl ./master/programa.pl
