#!/bin/bash
# Aquest programa ha estat creat per Lorena Galera, Carlota Grifols, Meritxell Guardiola i Jaume Minoves
# Aquest programa analitza si una query donada es troba dins del genoma de Lethenteron_camtschaticum
# Per contactar, envieu un mail a carlota.grifols01@estudiant.upf.edu

clear

# EXPORTS

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH                                       # pel fastaseqfromGFF.pl
export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH                         # pel NCBI Blast
cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/                                 # pel NCBI Blast 
export PATH=/cursos/BI/soft/exonerate/i386/bin:$PATH                   # per l'exonerate
export PATH=/cursos/BI/soft/t_coffee/i386/bin:$PATH                    # pel t_coffee
export PATH=/cursos/BI/soft/genewise/i386/bin:$PATH                    # pel GeneWise
export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/genewise/i386/wise2.2.0/wisecfg/  # pel GeneWise

# CONVERTIR U en X


for i in `ls *.fa`
do
	if test -f $i
	then
		cat $i | tr U X > hola$j.fa
		rm $i
		mv hola$j.fa $i
	fi
done 


### CRIDA EL PROGRAMA DEFINITIU.PL

perl programa.pl


