Command line: [exonerate -m p2g --showtargetgff -q ./DI3.fa -t DI3.carpeta/genomic.fa]
Hostname: [ws101087]
C4 Alignment:
------------
Query: SPP00000016_2.0 # Protein # Iodothyronine deiodinase 3 (DI3) # Human (Homo sapiens)
Target: gi|472268823|gb|KB715834.1| Leptonychotes weddellii isolate WS11-02 unplaced genomic scaffold scaffold01128, whole genome shotgun sequence:[revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 1413
Query range: 0 -> 278
Target range: 719221 -> 718387
1 : MetLeuArgSerLeuLeuLeuHisSerLeuArgLeuCysAlaGlnThrAlaSerCysL : 20
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetLeuArgSerLeuLeuLeuHisSerLeuArgLeuCysAlaGlnThrAlaSerCysL
719221 : ATGCTCCGCTCCCTGCTGCTTCACTCCCTGAGGCTCTGCGCCCAGACGGCCTCGTGCC : 719164
21 : euValLeuPheProArgPheLeuGlyThrAlaPheMetLeuTrpLeuLeuAspPheLe : 39
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euValLeuPheProArgPheLeuGlyThrAlaPheMetLeuTrpLeuLeuAspPheLe
719163 : TCGTGCTCTTCCCGCGCTTCCTCGGCACCGCCTTCATGCTCTGGCTCCTCGACTTCCT : 719107
40 : uCysIleArgLysHisPheLeuGlyArgArgArgArgGlyGlnProGluProGluVal : 58
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||
uCysIleArgLysHisPheLeuGlyArgArgArgArgGlyGlnProGluProAlaVal
719106 : GTGCATCCGCAAGCATTTCCTGGGCCGCCGCCGCCGGGGTCAGCCCGAACCCGCAGTG : 719050
59 : GluLeuAsnSerGluGlyGluGluValProProAspAspProProIleCysValSerA : 78
||||||:!!|||!!:||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||
GluLeuAspSerAspGlyGluGluValProProAspAspProProValCysValSerA
719049 : GAGCTCGACAGTGATGGCGAGGAGGTGCCCCCGGACGACCCGCCTGTCTGCGTGTCCG : 718990
79 : spAspAsnArgLeuCysThrLeuAlaSerLeuLysAlaValTrpHisGlyGlnLysLe : 97
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spAspAsnArgLeuCysThrLeuAlaSerLeuLysAlaValTrpHisGlyGlnLysLe
718989 : ATGACAACCGCCTGTGCACCCTGGCGTCGCTGAAGGCCGTGTGGCACGGCCAGAAGTT : 718933
98 : uAspPhePheLysGlnAlaHisGluGlyGlyProAlaProAsnSerGluValValLeu : 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uAspPhePheLysGlnAlaHisGluGlyGlyProAlaProAsnSerGluValValLeu
718932 : GGATTTCTTCAAGCAGGCGCATGAGGGCGGTCCAGCTCCCAACTCCGAGGTGGTCCTG : 718876
117 : ProAspGlyPheGlnSerGlnHisIleLeuAspTyrAlaGlnGlyAsnArgProLeuV : 136
|||:!!|||||||||!:!|||||||||||||||||||||::!||||||||||||||||
ProAsnGlyPheGlnAsnGlnHisIleLeuAspTyrAlaArgGlyAsnArgProLeuV
718875 : CCCAATGGCTTCCAGAACCAGCACATCCTTGACTACGCGAGAGGGAACCGCCCGCTGG : 718816
137 : alLeuAsnPheGlySerCysThrUnkProProPheMetAlaArgMetSerAlaPheGl : 155
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||!!
alLeuAsnPheGlySerCysThr***ProProPheMetAlaArgMetSerAlaPheHi
718815 : TTCTCAATTTCGGCAGCTGCACCTGACCACCGTTCATGGCGCGCATGAGCGCCTTCCA : 718759
156 : nArgLeuValThrLysTyrGlnArgAspValAspPheLeuIleIleTyrIleGluGlu : 174
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sArgLeuValThrLysTyrGlnArgAspValAspPheLeuIleIleTyrIleGluGlu
718758 : CCGCCTGGTCACTAAGTACCAGCGCGACGTCGACTTCCTCATCATCTACATCGAGGAA : 718702
175 : AlaHisProSerAspGlyTrpValThrThrAspSerProTyrIleIleProGlnHisA : 194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||||||||||||
AlaHisProSerAspGlyTrpValThrThrAspSerProTyrSerIleProGlnHisA
718701 : GCTCACCCCTCGGACGGCTGGGTCACCACAGACTCCCCCTACAGCATCCCGCAGCACC : 718642
195 : rgSerLeuGluAspArgValSerAlaAlaArgValLeuGlnGlnGlyAlaProGlyCy : 213
|||||||||||||||||||||||||||||!:!|||||||||||||||||||||.!!||
rgSerLeuGluAspArgValSerAlaAlaGlnValLeuGlnGlnGlyAlaProSerCy
718641 : GAAGCCTGGAGGACCGGGTCAGCGCGGCACAGGTACTGCAGCAAGGAGCGCCCAGCTG : 718585
214 : sAlaLeuValLeuAspThrMetAlaAsnSerSerSerSerAlaTyrGlyAlaTyrPhe : 232
|:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sSerLeuValLeuAspThrMetAlaAsnSerSerSerSerAlaTyrGlyAlaTyrPhe
718584 : CTCTCTTGTCCTGGACACCATGGCCAACTCCAGCAGCTCGGCCTATGGGGCCTACTTC : 718528
233 : GluArgLeuTyrValIleGlnSerGlyThrIleMetTyrGlnGlyGlyArgGlyProA : 252
|||||||||||||||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluArgLeuTyrValIleGlnAsnGlyThrIleMetTyrGlnGlyGlyArgGlyProA
718527 : GAGCGCCTCTACGTCATCCAGAATGGCACTATTATGTACCAGGGCGGCCGCGGCCCCG : 718468
253 : spGlyTyrGlnValSerGluLeuArgThrTrpLeuGluArgTyrAspGluGlnLeuHi : 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spGlyTyrGlnValSerGluLeuArgThrTrpLeuGluArgTyrAspGluGlnLeuHi
718467 : ACGGCTACCAGGTGTCTGAGCTGCGCACCTGGCTGGAGCGCTATGATGAGCAGCTGCA : 718411
272 : sGlyAlaArgProArgArgVal : 278
|||||||!:!||||||||||||
sGlyAlaGlnProArgArgVal
718410 : CGGCGCTCAGCCACGTCGAGTG : 718388
vulgar: SPP00000016_2.0 0 278 . gi|472268823|gb|KB715834.1| 719221 718387 - 1413 M 278 834
# --- START OF GFF DUMP ---
#
#
##gff-version 2
##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
##date 2013-11-19
##type DNA
#
#
# seqname source feature start end score strand frame attributes
#
gi|472268823|gb|KB715834.1| exonerate:protein2genome:local gene 718388 719221 1413 - . gene_id 1 ; sequence SPP00000016_2.0 ; gene_orientation .
gi|472268823|gb|KB715834.1| exonerate:protein2genome:local cds 718388 719221 . - .
gi|472268823|gb|KB715834.1| exonerate:protein2genome:local exon 718388 719221 . - . insertions 0 ; deletions 0
gi|472268823|gb|KB715834.1| exonerate:protein2genome:local similarity 718388 719221 1413 - . alignment_id 1 ; Query SPP00000016_2.0 ; Align 719222 1 834
# --- END OF GFF DUMP ---
#
-- completed exonerate analysis