SELENOPROTEÍNAS DE Meleagris gallopavo

MATERIALES Y MÉTODOS: MÓDULO VI

MAPA CONCEPTUAL

El último módulo consiste en la presentación de los resultados en el formato de página web. Se utilizó una "página template". Para hacer los mapas conceptuales utilizamos la herramienta CmapsTools y guardamos los resultados como página web. Posteriormente tubimos que integrar estos fragmentos de código en nuestra página web y adaptar los enlaces para que se abrieran en un pop up (utilizando el lenguaje JavaScript1.2). A continuación sólo detallaremos algunos procesos de automatización parcial de la elaboración de los protein reports, que posteriormente fueron revisados manualmente.

BASH script

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###############################       MÓDULO    6      ########################################
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##############################     PÁGINA WEB     #############################################
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##### CREACIÓN FITXER: Chr(-):start position...end position ##### para la tabla de RESULTADOS 

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | cut -d ' ' -f1);
for line in $(seq 1 $n); do
id=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f2 | tr -d ' ');
chr=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f3 | tr -d ' ');
ini=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f4 | tr -d ' ');
str=$(egrep $id ~/perlscripts/scripts_output/candidates | egrep $ini | cut -f7);
fin=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f5 | tr -d ' ');
fam=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f6 | tr -d ' ');

echo -e " $fam \t $id \t $chr \t $ini \t $fin \t $str" >> ~/perlscripts/scripts_output/web/positions.web;

done;

sort -k1 ~/perlscripts/scripts_output/web/best > ~/perlscripts/scripts_output/web/positions.web.sorted;

~/perlscripts/web.positions.pl < ~/perlscripts/scripts_output/web/best.sorted > ~/perlscripts/scripts_output/web/table


###### AUTOMATIZACIÓN PARCIAL DE LA PÁGINA DEL "PROTEIN REPORT" ######
#  Creamos un template en html e insertamos los distintos archivos de resultados en los distintos apartados. Para una
#mejor visualización de los resultados hemos omitido las líneas de código html que irían en las líneas "##Código página".

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | cut -d' ' -f1);
for line in $(seq 1 $n); do
    seleno=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f1 | tr -d ' ');
    id=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f2 | tr -d ' ');
    chr=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f3 | tr -d ' ');
    fam=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f6 | tr -d ' ');

    match=$(cat ~/perlscripts/scripts_output/matches | egrep $seleno | egrep $chr | cut -f2 | cut -d' ' -f2);

    multiple_alignment=$(cat ~/our_results/gallopavo_selenoproteins/$seleno/$seleno.alignment);
    best_alignment=$(cat ~/our_results/gallopavo_selenoproteins/$seleno/$seleno.bestalignment);
    SECISearch=$(cat ~/our_results/SECIS/$id.$chr.SECIS);
    SelenoProfiles=$(cat ~/results_folder/Meleagris_gallopavo.gallopavo/output/$match);

    echo " ##Código página

$multiple_alignment

##Código página

$best_alignment

##Código página

$SECISearch

##Código página

$SelenoProfiles

##Código página" >> ~/perlscripts/scripts_output/web/Seleno_results/$seleno.html;
 done;

###Para las proteínas que sólo han sido encontradas por SELENOPROFILES hacemos 
#lo mismo pero sólo ponemos los resultados de selenoprofiles.

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/no_matches_names | cut -d' ' -f1);
count=37;
for line in $(seq 1 $n); do
    name=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/no_matches_names | cut -d'1' -f2 | cut -d' ' -f2 | tail -1);
    SelenoProfiles=$(cat ~/results_folder/Meleagris_gallopavo.gallopavo/output/$name);
echo "##Código página 

$SelenoProfiles

##Código página" >> ~/perlscripts/scripts_output/web/Seleno$count.html;

count=$(($count+1));

done;


########CAMBIO CABECERA Y PIE PÁGINAS PROTEIN REPORT####### 

mkdir ~/perlscripts/scripts_output/web/results/cpSeleno;
n=$(ls ~/perlscripts/scripts_output/web/results | wc -l | cut -d' ' -f1);

for seleno in $(seq 1 $n); do
~/perlscripts/cab.pie.pl < ~/perlscripts/scripts_output/web/results/Seleno$seleno.html > ~/perlscripts/scripts_output/web/results/cutSeleno$seleno.html;
## cab.pie.pl > Programa que elimina cabeceras y pies existentes de las distintas
#páginas del 'Protein Report', para la posterior concatenación del output aquí generado con las cabeceras 
#y pies definitivos.
cat ~/perlscripts/scripts_output/web/cabecera.html . ~/perlscripts/scripts_output/web/results/cutSeleno$seleno.html ~/perlscripts/scripts_output/web/pie.html > ~/perlscripts/scripts_output/web/results/cpSeleno/Seleno$seleno.html;

done;

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