SELENOPROTEÍNAS DE Meleagris gallopavo

MATERIALES Y MÉTODOS: MÓDULO II

MAPA CONCEPTUAL

En este módulo partimos de las regiones candidatas a contener selenoproteínas y usamos las selenoproteínas de selenodb como query para predecir la secuencia de las posibles selenoproteínas con exonerate y genewise. Para exonerate usamos las selenoproteínas con X en vez de U y con genewise usamos las selenoproteínas que tienen U. Usamos la variable $trev que informa sobre la orientación del hit de tblastn para hacer la predicción en la orientación pertinente. Cambiamos el nombre del output de exonerate y de genewise para que contengan el nombre del programa y el id de la proteína de selenodb que ha usado como query junto con el cromosoma de la región. También ejecutamos SelenoProfiles a partir del genoma.

BASH script

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#####################################    -  MÓDULO   2 -    ###################################
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###########################     ANÁLISIS: Predicción proteínas      ###########################
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#!/bin/bash
#$ -o our.stdout
#$ -e our.stderr
#$ -q llicen.q
#$ -N OurJob
#$ -cwd

export PATH=/cursos/BI/soft/exonerate/i386/bin:$PATH 
export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH 
export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg 

#########################################  EXONERATE  ##########################################

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/candidates | cut -d ' ' -f1);
for line in $(seq 1 $n); do
chr=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/candidates | tail -1 | cut -f2 | tr -d ' ');
id=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/candidates | tail -1 | cut -f1 | tr -d ' ');

exonerate -m p2g --showtargetgff --exhaustive yes -q ~/gallopavodb/selenoprots/Xselenoprots/$id.X.aa.fa -t ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.region.fa | egrep -w exon > ~/our_results/exonerate/$id.$chr.exonerate.gff;

fastaseqfromGFF.pl ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.region.fa ~/our_results/exonerate/$id.$chr.exonerate.gff > ~/our_results/exonerate/$id.$chr.exonerate.cdna;

fastatranslate -F 1 -f ~/our_results/exonerate/$id.$chr.exonerate.cdna > ~/our_results/exonerate/aa/$id.$chr.exonerate.aa;

 #renameexonerate.pl > Cambiamos el nombre del output de exonerate y de genewise para que contengan el nombre del programa y el id de la proteína de selenodb que ha usado como query junto con el cromosoma de la región en la que se ha hecho la predicción.
 ~/perlscripts/renameexonerate.pl < ~/our_results/exonerate/aa/$id.$chr.exonerate.aa $id $chr > ~/our_results/exonerate/aa/$id.$chr.rexonerate.aa;

done;


#########################################  GENEWISE  ############################################

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/candidates | cut -d ' ' -f1);
for line in $(seq 1 $n); do
chr=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/candidates | tail -1 | cut -f2 | tr -d ' ');
id=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/candidates | tail -1 | cut -f1 | tr -d ' ');
trev=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/candidates | tail -1 | cut -f7 | tr -d ' ');

 #la variable $trev que informa sobre la orientación del hit de tblastn para hacer la predicción en la 
#orientación pertinente. 
genewise -pep -pretty -cdna -gff $trev ~/gallopavodb/selenoprots/Uselenoprots/$id.U.aa.fa ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.region.fa > ~/our_results/genewise/$id.$chr.genewise;

 #genewisepep.pl > extrae la secuencia peptídica que está comprendida entre las líneas que contienen 
#las expresiones /pep/ y /\//.
~/perlscripts/genewisepep.pl < ~/our_results/genewise/$id.$chr.genewise $id $chr > ~/our_results/genewise/aa/$id.$chr.genewise.aa;
done;

 ##########################################    SELENOPROFILES     ##################################

#debido a problemas en la instalación al principio tubimos problemas. es muy importante no olvidar el export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg 
Selenoprofiles results_folder -t /homes/users/U63748/gallopavo.fa -s "Meleagris_gallopavo" -p eukaryotic

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