Command line: [exonerate -m p2g --showtargetgff -q SPP00000033_1.0.fa -t SPP00000033_1.0.GL397496.1/GL397496.1.subseq] Hostname: [upf-OptiPlex-755] C4 Alignment: ------------ Query: SPP00000033_1.0 # Protein # Selenophosphate synthetase 2 (SPS2) # Homo sapiens # Complete Target: GL397496.1:subseq(143758,101237) dna:supercontig supercontig:Nleu1.0:GL397496.1:1:1401391:1 REF:[revcomp] Model: protein2genome:local Raw score: 2116 Query range: 22 -> 448 Target range: 51246 -> 49969 23 : ProAlaGlyLeuThrLeuGlyArgSerPheSerAsnTyrArgPro--PheGluProGlnA : 42 ||||||||||||||||||||| !!|||||||||||||||||||||## |||||||||| ProAlaGlyLeuThrLeuGlyTrpSerPheSerAsnTyrArgPro##---GluProGlnA 51246 : CCGGCGGGCTTGACTCTGGGCTGGAGCTTCTCGAACTACCGGCCTTC---GAGCCCCAGG : 51190 43 : laLeuGlyLeuSerProSerTrpArgLeuThrGlyPheSerGlyMetLysGlyUnkGlyC : 62 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| laLeuGlyLeuSerProSerTrpArgLeuThrGlyPheSerGlyMetLysGly***GlyC 51189 : CGTTGGGCCTCAGCCCGAGCTGGCGGCTGACGGGCTTTTCCGGCATGAAGGGCTGAGGCT : 51130 63 : ysLysValProGlnGluAlaLeuLeuLysLeuLeuAlaGlyLeuThrArgProAspValA : 82 |||||||||||||||||.!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ysLysValProGlnGluThrLeuLeuLysLeuLeuAlaGlyLeuThrArgProAspValA 51129 : GCAAGGTCCCGCAGGAGACGCTGCTCAAACTCCTGGCGGGACTGACGCGGCCGGACGTGC : 51070 83 : rgProProLeuGlyArgGlyLeuValGlyGlyGlnGluGluAlaSerGlnGluAlaGlyL : 102 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| rgProProLeuGlyArgGlyLeuValGlyGlyGlnGluGluAlaSerGlnGluAlaGlyL 51069 : GGCCCCCGCTGGGCCGGGGCCTGGTGGGCGGCCAGGAAGAGGCGTCCCAGGAAGCCGGCC : 51010 103 : euProAlaGlyAlaGlyProSerProThrPheProAlaLeuGlyIleGlyMetAspSerC : 122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| euProAlaGlyAlaGlyProSerProThrPheProAlaLeuGlyIleGlyMetAspSerC 51009 : TGCCAGCAGGAGCGGGCCCCAGCCCCACCTTTCCAGCCCTGGGCATCGGGATGGACTCCT : 50950 123 : ysValIleProLeuArgHisGlyGlyLeuSerLeuValGlnThrThrAspPhePheTyrP : 142 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TTCTAGGACACTCCCAGAACCTTGCAAAACAACAAAGAAATGAAGTGTCCTTTGTTATTC : 50290 343 : isAsnLeuProIleIleAlaLysMetAlaAlaValSerLysAlaSerGlyArgPheGlyL : 362 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| isAsnLeuProIleIleAlaLysMetAlaAlaValSerLysAlaSerGlyArgPheGlyL 50289 : ATAATCTGCCAATAATTGCCAAGATGGCTGCCGTCAGCAAGGCCAGTGGACGGTTTGGGC : 50230 363 : euLeuGlnGlyThrSerAlaGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProArgGluG : 382 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| euLeuGlnGlyThrSerAlaGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProArgGluG 50229 : TTCTTCAAGGAACCTCAGCTGAAACCTCTGGGGGATTACTGATTTGTCTGCCAAGAGAAC : 50170 383 : lnAlaAlaArgPheCysSerGluIleLysSerSerLysTyrGlyGluGlyHisGlnAlaT : 402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| lnAlaAlaArgPheCysSerGluIleLysSerSerLysTyrGlyGluGlyHisGlnAlaT 50169 : AGGCGGCTCGCTTTTGTTCTGAAATCAAATCCTCCAAGTACGGAGAGGGTCACCAAGCGT : 50110 403 : rpIleValGlyIleValGluLysGlyAsnArgThrAlaArgIleIleAspLysProArgV : 422 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GL397496.1:subseq(143758,101237) 51246 49969 - 2116 M 15 45 F 0 2 G 1 0 M 410 1230 # --- START OF GFF DUMP --- # # ##gff-version 2 ##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0 ##date 2012-11-27 ##type DNA # # # seqname source feature start end score strand frame attributes # GL397496.1:subseq(143758,101237) exonerate:protein2genome:local gene 49970 51246 2116 - . gene_id 1 ; sequence SPP00000033_1.0 ; gene_orientation . GL397496.1:subseq(143758,101237) exonerate:protein2genome:local cds 49970 51246 . - . GL397496.1:subseq(143758,101237) exonerate:protein2genome:local exon 49970 51246 . - . insertions 0 ; deletions 1 ; frameshifts 2 GL397496.1:subseq(143758,101237) exonerate:protein2genome:local similarity 49970 51246 2116 - . alignment_id 1 ; Query SPP00000033_1.0 ; Align 51247 23 45 ; Align 51200 39 1230 # --- END OF GFF DUMP --- # -- completed exonerate analysis