#!/bin/bash

### Script hecho por el grupo 4c de 4º de Biologia Humana del curso 2011-2012 de la Universitat Pompeu Fabra, para la asignatura de Bioinformatica.

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH 
cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/ 

### Aixo es per a detectar quines proteines hi ha a la carpeta querys. Agafa el nom dels arxius, els treu el .fa i els ordena en una llista per a poder fer servir la comanda for.

for query_fa in ./querys/*; do {
query=`basename $query_fa`
nomproteina=${query%.fa}
llistaquerys=$llistaquerys" $nomproteina"
} done

mkdir ./blasts

### Aqui comença el BLAST: dos bucles for per a fer les combinaciones entre proteines de la llistaquerys i els genomes anotats a sota manualment. Per a modificacions futures de anys vinents, heu de substituir els vostres organismes de la comanda (1) i asseguar-vos de canviar l'any en el punt (2) on posa 2012.

for nomproteina in $llistaquerys; do {
#(1)# 
for genome in A.laibachii_Nc14 A.rara C.fasciculata D.discoideum_AX4 D.fasciculatum F.cylindrus G.niphandrodes I.multifiliis_strain_G5 L.donovani_BPK282A1 L.tarentolae P.capsici P.polycephalum S.arctica T.congolense; do {
echo "fent $nomproteina en $genome"
#(2)#
blastall -p tblastn -i ./querys/$nomproteina.fa -d /cursos/BI/genomes/protists/2012/$genome/genome.fa -o blasts/$nomproteina.$genome.txt
                                      } done
echo fet

} done



