T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=82
*
 BAD AVG GOOD
*
SPP00000016_1.0   :  82
PHYCAscaffold_2   :  82
cons              :  82

SPP00000016_1.0   MVYISNGQVLDSRSQSPWRLSLITDFFWGIAEFVVLFFKTLLQQD
PHYCAscaffold_2   MTYVSGGDVVAKR--SPWRLSIVTDMIWGVVNFVGLFVTSIFSDP

cons              *.*:*.*:*: .*  ******::**::**:.:** **..:::.: 


SPP00000016_1.0   VKKRRSYGNS-SDSRYDDGRGPPGNPPRRMGRINHLRGPSPPPMA
PHYCAscaffold_2   STATRPNSNISRGSASNRGLGGNGGGPRRMGGVNHRGTINMPKSA

cons               .  *. .*   .*  : * *  *. ***** :**    . *  *


SPP00000016_1.0   GGXGR
PHYCAscaffold_2   ----G

cons