T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=87
*
 BAD AVG GOOD
*
PHYCAscaffold_1   :  87
eEFsec.Celegans   :  87
cons              :  87

PHYCAscaffold_1   -------------VNVGVLGHVDSGKTSLVRALSTQLSTAALDKH
eEFsec.Celegans   MTSPPSTSSSVGPLNLGILGHVDSGKTTLTRRIAELGSTSAFDAH

cons                           :*:*:*********:*.* ::   **:*:* *


PHYCAscaffold_1   PQSQQ----RGITLDLGFSSFLLKPSAQVKPCLQVTLVDCPGHAS
eEFsec.Celegans   ATSTTTDGIRRNTLDLGFSTMTSLS------GRRLALIDCPGHSG

cons              . *      *  *******::   .        :::*:*****:.


PHYCAscaffold_1   LFRTILGGVAIIDTVLLVIDCRKGLQAQTIESLLLATLIAKRSVV
eEFsec.Celegans   LIRAVLAASTVFDMAIVIIDVVAGIQPQTAEHLLLASKFCPNRVI

cons              *:*::*.. :::* .:::**   *:*.** * ****: :. . *:


PHYCAscaffold_1   VALTKTDLVPSAERDNVIGKCSHEVRSFMATNFNFHDTSSIPVVP
eEFsec.Celegans   IVLNKCDLAEKSK----ISESAKKVRKGLKS-MGVDENSPIVEMS

cons              :.*.* **. .::    *.:.:::**. : : :...:.*.*  :.


PHYCAscaffold_1   VAVGSNQDPQGIPQLLEALNANLQVPERDHSGSFCLAVDHCFSVP
eEFsec.Celegans   LADGYFKE-EMLQNLKLAIESRIFEPKRDEEGEFLIAIDHCFAIK

cons              :* *  :: : : *:::.:  *:**..*.* :*:****:: 


PHYCAscaffold_1   GNGTILTGTVLSGALERGDELELLPLGAKVKVKTLQVFKKDVAKC
eEFsec.Celegans   GQGTVLTGTVIRGVLRLNTEIEFPALNEKRRVKTLETWKQRVGQV

cons              *:**:*****: *.*. . *:*: .*. * :****:.:*: *.: 


PHYCAscaffold_1   SQGDRVGLRV-NGLDPALVERALAVSPPGSLTPVTQVVIPVTKVP
eEFsec.Celegans   AAGARAAFLVAPSFDEHRFSRCI-CGPLGTLKSTKFVLATVEPIQ

cons              : * *..: *  .:*   ..*.:  .* *:*.... *: .*  : 


PHYCAscaffold_1   FFHEISCKSGGKCHVTVGHTTIIAMATFFTCLDNGTTWLLPSL--
eEFsec.Celegans   FFRK-SINSKSKIHVAVAFETVMAECQFLKEKENGEFEMLPSLLA

cons              **:: :* .* **:*.. *::* . *:.  :**   :****  


PHYCAscaffold_1   ---------------------------------------------
eEFsec.Celegans   PCQVLFSFEKSIFLPENYSNPFMAARLEQQPGSGCRFAFSGIFSQ

cons                                                           


PHYCAscaffold_1   ---------------------------------------------
eEFsec.Celegans   ILPENGKNLPPRFTRKCRKGHVERVEKDGFSAICTGMFKAETNFD

cons                                                           


PHYCAscaffold_1   ---------------------------------------------
eEFsec.Celegans   VFRGFQICTSSGPRGKIEGAFGKSGKFRVTFAEKIDGILTEKEEI

cons                                                           


PHYCAscaffold_1   -------------------
eEFsec.Celegans   SLFLKKYHNENRLVSYVPD

cons