T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=96
*
 BAD AVG GOOD
*
PHYCAscaffold_1   :  96
SPP00000012_1.0   :  96
cons              :  96

PHYCAscaffold_1   SIATFAAGC------------------------------------
SPP00000012_1.0   MLSATRRACQLLLLHSLFPVPRMGNSASNIVSPQEALPGRKEQTP

cons               :::   .*                                    


PHYCAscaffold_1   -----------------------------FWAVQRSFDNVPGVIA
SPP00000012_1.0   VAAKHHVNGNRTVEPFPEGTQMAVFGMGXFWGAERKFWVLKGVYS

cons                                           **..:*.*  : ** :


PHYCAscaffold_1   TSVGYAQGKTENPTYRTVVTGRTNHAESIKITFDESQVTYEELLK
SPP00000012_1.0   TQVGFAGGYTSNPTYKEVCSEKTGHAEVVRVVYQPEHMSFEELLK

cons              *.**:* * *.****: * : :*.*** :::.:: .::::*****


PHYCAscaffold_1   VFWSIHDPTSLNRQEGDVGTQYRSGIYYQDEEQHKIALKSKDEHQ
SPP00000012_1.0   VFWENHDPTQGMRQGNDHGTQYRSAIYPTSAKQMEAALSSKENYQ

cons              ***. ****.  ** .* ******.**  . :* : **.**:::*


PHYCAscaffold_1   KTLDK----PIVTEIEAAKTFWDAEEAHQKYLEKGG---------
SPP00000012_1.0   KVLSEHGFGPITTDIREGQTFYYAEDYHQQYLSKNPNGYCGLGGT

cons              *.*.:    **.*:*. .:**: **: **:**.*.          


PHYCAscaffold_1   ---------N
SPP00000012_1.0   GVSCPVGIKK

cons                       :