T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=98
*
 BAD AVG GOOD
*
Lt_contig6577_s   :  98
OPtRNAsecSTHuma   :  98
cons              :  98

Lt_contig6577_s   MDDRSLKLAEDFVPARYIDAGGESLRSTARILRCILAQRRCPDEA
OPtRNAsecSTHuma   MNRESFAAGERLVSPAYVRQGCEARRSHEHLIRLLLEKGKCPENG

cons              *: .*:  .* :*.. *:  * *: **  :::* :* : :**::.


Lt_contig6577_s   LTDAAIELILRQLSLMDTNNFAHHVGGGEREGRVVSALVRMRHFH
OPtRNAsecSTHuma   WDESTLELFLHELAIMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR

cons                ::::**:*::*::**:***  : * *******.****  **::


Lt_contig6577_s   LTHGIGRSGDLFSEQPKAAGSSLLYKITNVLMLDLLRQAGAPSTA
OPtRNAsecSTHuma   FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLDIIKLAGVHTVA

cons              : ********: : ********** **** *:**::: **. :.*


Lt_contig6577_s   AAVVVPMSTGMTLALVLRCVAKSRTEERYVIWPRIDQKTALKCID
OPtRNAsecSTHuma   NCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMI

cons               ..****:***:*:* :  : :.*.: :*:********:.:*.: 


Lt_contig6577_s   AAGLIPVPVQLRPAVTLARSADPWVSANRDSLGRDKVVCVLSTTS
OPtRNAsecSTHuma   TAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKVQELGPDCILCIHSTTS

cons              :**: ** ::        *:    *.*: :.** * ::*: ****


Lt_contig6577_s   CFAPRLPDNTVGIAQYCKEAGIPYVVNNAYGVQSRRIMTRLDAAQ
OPtRNAsecSTHuma   CFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGA

cons              *****:**.   :*  * : .**::********* : *  :: . 


Lt_contig6577_s   RLGRVDFVVQSGDKNFLVPVGGSIISSSDKARCQAVAALYAGRAS
OPtRNAsecSTHuma   RVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNDSFIQEISKMYPGRAS

cons              *:**:* .*** ****:*****:**:. :.:  * :: :*.****


Lt_contig6577_s   MSPIVDLFITALSLGRRGMQALWSDRYRCRARLIRQLREFARERR
OPtRNAsecSTHuma   ASPSLDVLITLLSLGSNGYKKLLKERKEMFSYLSNQIKKLSEAYN

cons               ** :*::** **** .* : * .:* .  : * .*:::::.  .


Lt_contig6577_s   EVL------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   ERLLHTPHNPISLAMTLKTLDEHRDKAVTQLGSMLFTRQVSGARV

cons              * *                                          


Lt_contig6577_s   ---------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   VPLGSMQTVSGYTFRGFMSHTNNYPCAYLNAASAIGMKMQDVDLF

cons                                                           


Lt_contig6577_s   ---------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   IKRLDRCLKAVRKERSKESDDNYDKTEDVDIEEMALKLDNVLLDT

cons                                                           


Lt_contig6577_s   -----L
OPtRNAsecSTHuma   YQDASS

cons