T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=99
*
 BAD AVG GOOD
*
Cf_Contig1068_s   :  99
OPtRNAsecSTHuma   :  99
cons              :  99

Cf_Contig1068_s   MDERGLQLAEDLVSAHYLAAGRESLQATARTLRSLIAQRRCPDVG
OPtRNAsecSTHuma   MNRESFAAGERLVSPAYVRQGCEARRSHEHLIRLLLEKGKCPENG

cons              *:...:  .* ***. *:  * *: ::  : :* *: : :**: *


Cf_Contig1068_s   LSDAVIQLLLRQLAAMDTNNFAAHVGGGEREGRVASALVRQRHFD
OPtRNAsecSTHuma   WDESTLELFLHELAIMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR

cons               .::.::*:*::** **:*** .: * ************ :**: 


Cf_Contig1068_s   FTHGIGRSGDLASEQPKAAGSSLLYKLTNIMVLDLIRLAGAPSTA
OPtRNAsecSTHuma   FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLDIIKLAGVHTVA

cons              * ********::: ********** *:** :***:*:***. :.*


Cf_Contig1068_s   AAVVVPMATGMTLALVLRCVAKTRVKERYVVWPRIDQKTALKCID
OPtRNAsecSTHuma   NCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMI

cons               ..********:*:* :  : :.* * :*::*******:.:*.: 


Cf_Contig1068_s   SAGLLPLPVE----------------------GPAHVVCVLSTTS
OPtRNAsecSTHuma   TAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKVQELGPDCILCIHSTTS

cons              :**: *: :*                      **  ::*: ****


Cf_Contig1068_s   CFAPRLPDNTVAIARYCKEHAIPYVVNNAYGVQSRRIMTRIDAAQ
OPtRNAsecSTHuma   CFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGA

cons              *****:**.   :*  * :: **::********* : *  *: . 


Cf_Contig1068_s   RLGRVDYVVQSSDKNFLVPVGGAVVTSSSAERCNAAAALYAGRAS
OPtRNAsecSTHuma   RVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNDSFIQEISKMYPGRAS

cons              *:**:* .*** ****:******:::. . .  :  : :*.****


Cf_Contig1068_s   ASPIIDLFITALSLGRRGMQELWAERYRCRRRLVDQLCGFAKARG
OPtRNAsecSTHuma   ASPSLDVLITLLSLGSNGYKKLLKERKEMFSYLSNQIKKLSEAYN

cons              *** :*::** **** .* ::*  ** .    * :*:  :::* .


Cf_Contig1068_s   EVV------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   ERLLHTPHNPISLAMTLKTLDEHRDKAVTQLGSMLFTRQVSGARV

cons              * :                                          


Cf_Contig1068_s   ---------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   VPLGSMQTVSGYTFRGFMSHTNNYPCAYLNAASAIGMKMQDVDLF

cons                                                           


Cf_Contig1068_s   ---------------------------------------------
OPtRNAsecSTHuma   IKRLDRCLKAVRKERSKESDDNYDKTEDVDIEEMALKLDNVLLDT

cons                                                           


Cf_Contig1068_s   -----L
OPtRNAsecSTHuma   YQDASS

cons