#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

# Todos los archivos obtenidos en el fastafetch los guardamos en la carpeta 'fetch'.

mkdir fetch

for fi in `grep 2012 /cursos/BI/genomes/protists/genomes_list_and_info.tab | cut -f 4`; do {

genome=`grep $fi /cursos/BI/genomes/protists/genomes_list_and_info.tab | cut -f 2`;

# A partir de los archivos de la carpeta 'index', seleccionamos los contigs de interés de cada uno de los genomas y los almacenamos en la carpeta 'contigs'.

for seq in selprotT_human.fa selprotT_mouse.fa selR1_human.fa selR2_human.fa selR3_human.fa selR_cerevisiae.fa selR_droso.fa selR_elegans.fa; do {

for contig in `cut -f 2 contigs/${seq}.CONTRA.${genome}.contig.fa` ; do {

echo "$seq" "$fi" "$contig" "$index"

fastafetch $fi index/${genome}.index $contig > fetch/fastafetch.${seq}.CONTRA.${genome}.fa

} done

} done

} done