#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

# Este programa nos sirve para ejecutar el fastaindex, de modo que nos extrae una lista de todos los contigs de cada uno de los genomas de los protistas.

for genome in Astrammina_rara Crithidia_fasciculata Trypanosoma_congolense Leishmania_tarentolae Leishmania_donovani_BPK282A1 Gregarina_niphandrodes Ichthyophthirius_multifiliis_strain_G5 Phytophthora_capsici Physarum_polycephalum Sphaeroforma_arctica Fragilariopsis_cylindrus Dictyostelium_fasciculatum Dictyostelium_discoideum_AX4 Albugo_laibachii_Nc14; do {

fi=`grep $genome /cursos/BI/genomes/protists/genomes_list_and_info.tab | cut -f 4`

fastaindex $fi index/${genome}.index

} done