#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

# Creamos los siguientes directorios para almacenar los resultados de este programa.

mkdir cDNA translate translate_completo

for genome in Crithidia_fasciculata Trypanosoma_congolense Leishmania_tarentolae Leishmania_donovani_BPK282A1 Ichthyophthirius_multifiliis_strain_G5 Phytophthora_capsici Sphaeroforma_arctica Fragilariopsis_cylindrus Dictyostelium_fasciculatum Dictyostelium_discoideum_AX4 Albugo_laibachii_Nc14; do {

for seq in selprotT_human.fa selprotT_mouse.fa selR1_human.fa selR2_human.fa selR3_human.fa selR_cerevisiae.fa selR_droso.fa selR_elegans.fa; do {

# En primer lugar ejecutamos el programa 'fastaseqfromGFF' para obtener el cDNA del alineamiento de la región genómica con la query.

# En segundo lugar ejecutamos el programa 'fastatranslate' que nos sirve para traducir el cDNA obtenido anteriormente a proteína en las 6 pautas de lectura posibles. Con la comanda '-F 1' podemos obtener exclusivamente la primera pauta de lectura.

fastaseqfromGFF.pl subseq/subseq.${seq}.CONTRA.${genome}.fa exonerategff/exonerate_${seq}.CONTRA.${genome}.gff > cDNA/cDNA_${seq}.CONTRA.${genome}.cdna

fastatranslate cDNA/cDNA_${seq}.CONTRA.${genome}.cdna > translate_completo/proteina_completa_${seq}.CONTRA.${genome}.fa

fastatranslate -F 1 cDNA/cDNA_${seq}.CONTRA.${genome}.cdna > translate/proteina_${seq}.CONTRA.${genome}.fa

} done

} done