#!/bin/bash


echo "Entra la ruta:"
read cami
cd $cami


#Fem el blast sense detallar i detallat

#Creem dos carpetes una per cada tipus de blast
mkdir $cami/blastsm;
mkdir $cami/blasts;

#Per cada genoma
	for genome in A.laibachii_Nc14 C.fasciculata D.fasciculatum G.niphandrodes L.donovani_BPK282A1 P.capsici T.congolense A.rara D.discoideum_AX4 F.cylindrus I.multifiliis_strain_G5 L.tarentolae P.polycephalum S.arctica ; do {

	mkdir $cami/blastsm/$genome.m
	mkdir $cami/blasts/$genome
	
	#Per cada query dins la carpeta querys
	for query in ./querys/* ; do { 
        
		#Arreclem el nom de la query treient la carpeta i el .fa
		query=`basename $query`
		query=${query%.fa}

			#Fem el blast no detallat
			blastall -p tblastn -i ./querys/$query.fa -d /cursos/BI/genomes/protists/2012/$genome/genome.fa -o $cami/blastsm/$genome.m/$query$genome.m.tblastn -m 9 -F F

			#Fem el blast detallat
			blastall -p tblastn -i ./querys/$query.fa -d /cursos/BI/genomes/protists/2012/$genome/genome.fa -o $cami/blasts/$genome/$query$genome.tblastn -F F

        } done

} done