T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
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SCORE=93
*
 BAD AVG GOOD
*
P.pallidum       :  94
D.melanogaster   :  92
M.musculus       :  92
cons             :  93

P.pallidum       ---------------------------------------------
D.melanogaster   ---------------------------------------MFQPEK
M.musculus       MAEAAAAGASGETMAALVAAEGSLGPAGWSAGRSFSNYRPFEPQT

cons                                                          


P.pallidum       -------RLTDYTKLKGXGCKIPQKELLSLLEGIG----------
D.melanogaster   HGLEPDFQLTKFTTHTGXSCKIPQKVLEKYLRGTEIE---NKN--
M.musculus       LGFSPSWRLTSFSGMKGXGCKVPQETLLKLLEGLTRPALQPPLTS

cons                    :**.::  .**.**:**: * . *.*            


P.pallidum       ---------------------------DGIGYDCAIVPT-KFPDI
D.melanogaster   -------------------NDG---YLIGSGMDCAVIPLKRHKDY
M.musculus       GLVGGQEETVQEGGLSTRPGPGSAFPSLSIGMDSCVIPL-RHGGL

cons                                         . * *..::*  :. . 


P.pallidum       VMVTTTDFFFPNVDDPYLMGKIACANVLSDLYSFGIDECDNMLML
D.melanogaster   LLIQTVDFFYPMVNDPELLGRIALANVLSDVYAVGVTQFDTVEMI
M.musculus       SLVQTTDFFYPLVEDPYMMGRIACANVLSDLYAMGITECDNMLML

cons              :: *.***:* *:** ::*:** ******:*:.*: : *.: *:


P.pallidum       LAASTDMTPENRNWSTRGLIQGFNDHCNLAG---TKVRGGQTVKN
D.melanogaster   VSTSTSFSEKERDVVIGLVMKGFQNSLKANGYRNTPLIIRQLKIN
M.musculus       LSVSQSMSEKEREKVTPLMIKGFRDAAEEGG---TAVTGGQTVVN

cons             ::.* .:: ::*:     :::**.:  :  *   * :   *   *


P.pallidum       PWPLIGGVATAIIRKDEMIMPVNAVPGDVLVLTKPLGTQVCANFH
D.melanogaster   PWCIIGGIATSVCRSEEIILPSNAQPGDVLVLTKPLGGQMAMDAH
M.musculus       PWIIIGGVATVVCQQNEFIMPDSAVVGDVLVLTKPLGTQVAANAH

cons             ** :***:** : :.:*:*:* .*  *********** *:. : *


P.pallidum       QW-IRQPEKWAKIADIATVEEAVETFTYATQSMARLNRIGARLMR
D.melanogaster   LWQLNQTEKYKKLLSECSDADIKETFEIAVKSMTYLNKNAALLMH
M.musculus       QW-LDNPEKWNKIKMVVSREEVELAYQEAMFNMATLNRTAAGLMH

cons              * : :.**: *:    :  :   ::  *  .*: **: .* **:


P.pallidum       KYGAHAATDVTGFGIAGHSDNLAKSQLQPVVFEIHTLPIIEHMKK
D.melanogaster   KYQAHCATDITGFGLLGHANNLAQFQKEKVLFQINKLPIIKNVLK
M.musculus       TFNAHAATDITGFGILGHSQNLAKQQKNEVSFVIHNLPIIAKMAA

cons             .: **.***:****: **::***: * : * * *:.**** ::  


P.pallidum       IDVHLNNNWNLCRGLSAETSGGLLIAMPEDKAREFVKEIEEKTSS
D.melanogaster   FSTLVGQSTKFRSGRSVETSGGLLICLPADAADKFCRDFEEATNG
M.musculus       ISKASG-RFGLLQGTSAETSGGLLICLPREQAARFCSEIKSSKYG

cons             :.   .    :  * *.********.:* : * .*  :::. . .


P.pallidum       EAF-SFSS----------------------------------SSE
D.melanogaster   EQK-SFQIGHVTAANESDAVL---------------------CED
M.musculus       EGHQAWIVGIVEKGNRTARIIDKPRVIEVLPRGASAAAAAAPDNS

cons             *   ::                                     ..


P.pallidum       LSSSRSSS
D.melanogaster   VEFIEVSL
M.musculus       NAASEPSS

cons                 . *