T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
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SCORE=89
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 BAD AVG GOOD
*
C.merolae        :  87
D.melanogaster   :  89
M.musculus       :  90
cons             :  89

C.merolae        ---------------------------------------------
D.melanogaster   ---------------------------------------MFQPEK
M.musculus       MAEAAAAGASGETMAALVAAEGSLGPAGWSAGRSFSNYRPFEPQT

cons                                                          


C.merolae        ------FRLTRYSTLKGCGCKVPQSELLEWMTAT-KNLLRSPMKS
D.melanogaster   HGLEPDFQLTKFTTHTGUSCKIPQKVLEKYLRGT-E---------
M.musculus       LGFSPSWRLTSFSGMKGUGCKVPQETLLKLLEGLTRPALQPPLTS

cons                   ::** ::  .* .**:**. * : : .  .         


C.merolae        FSRPGGLMSTSNT----ESSTPGDVSVELGVGMDASVVRLTQLSS
D.melanogaster   ---------------IEN---KNNDGYLIGSGMDCAVIPLKRH--
M.musculus       GL-VGGQEETVQEGGLSTRPGPGSAFPSLSIGMDSCVIPLR-H--

cons                                   ..    :. ***..*: *     


C.merolae        RQQSTEKDAENAPSFGTQPLYLISTTDFFFPLVEDPYLMGRIAAA
D.melanogaster   -----------------KDYLLIQTVDFFYPMVNDPELLGRIALA
M.musculus       -----------------GGLSLVQTTDFFYPLVEDPYMMGRIACA

cons                                  *:.*.***:*:*:** ::**** *


C.merolae        NVLSDAYALGIRTPPSTMLMLVCAATEIEPPALRAGVTQTMMAGF
D.melanogaster   NVLSDVYAVGV-TQFDTVEMIVSTSTSFSE-KERDVVIGLVMKGF
M.musculus       NVLSDLYAMGI-TECDNMLMLLSVSQSMSE-KEREKVTPLMIKGF

cons             ***** **:*: *  ..: *::..: .:.    *  *   :: **


C.merolae        IDACHEAGT---QVTGGQTTLNPWPLIGGVAEVVLPRGEFLMPDA
D.melanogaster   QNSLKANGYRNTPLIIRQLKINPWCIIGGIATSVCRSEEIILPSN
M.musculus       RDAAEEGGT---AVTGGQTVVNPWIIIGGVATVVCQQNEFIMPDS

cons              :: .  *     :   *  :*** :***:*  *    *:::*. 


C.merolae        AQPGDTIVLTKPLGTQVAINLYQW-LGQMEDAHYLHLLEMLTPAD
D.melanogaster   AQPGDVLVLTKPLGGQMAMDAHLWQLNQTEK--YKKLLSECSDAD
M.musculus       AVVGDVLVLTKPLGTQVAANAHQW-LDNPEK--WNKIKMVVSREE

cons             *  **.:******* *:* : : * *.: *.  : ::    :  :


C.merolae        ICRAYDVACLSMAHLNARAAQLLLESGAAHAVTDITGFGILGHAQ
D.melanogaster   IKETFEIAVKSMTYLNKNAA-LLMHKYQAHCATDITGFGLLGHAN
M.musculus       VELAYQEAMFNMATLNRTAA-GLMHTFNAHAATDITGFGILGHSQ

cons             :  ::: *  .*: **  **  *:..  **..*******:***::


C.merolae        NLARNQKAPVDMEIDVLPIIRGMTSADRALQGGKMFRLLEGFSAE
D.melanogaster   NLAQFQKEKVLFQINKLPIIKNVLKFSTLV--GQSTKFRSGRSVE
M.musculus       NLAKQQKNEVSFVIHNLPIIAKMAAISKAS--GR-FGLLQGTSAE

cons             ***: **  * : *. ****  :   .     *:   : .* *.*


C.merolae        TSGGLLICFGASSTERSSQVVARQFCEKLATV--DDHWPAWIVGR
D.melanogaster   TSGGLLICLPADAA--------DKFCRDFEEATNGE-QKSFQIGH
M.musculus       TSGGLLICLPREQA--------ARFCSEIKSSKYGEGHQAWIVGI

cons             ********:  . :         :** .:     .:   :: :* 


C.merolae        VVPGSRE-ARILDHVKILE------------------------V
D.melanogaster   VTAANESDAVLCEDVEFIEV----------------------SL
M.musculus       VEKGNRT-ARIIDKPRVIEVLPRGASAAAAAAPDNSNAASEPSS

cons             *  ...  * : :. ..:*