T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=94
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 BAD AVG GOOD
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P.tricornutum   :  94
M.musculus      :  95
X.tropicalis    :  95
cons            :  94

P.tricornutum   -------------------------------LRTLLVNRRLPEHG
M.musculus      MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDG
X.tropicalis    MEHESFKASERLVTPAYIRQGREARRMHEQLVRQLVEQGKCPKEP

cons                                           :* *: : : *:. 


P.tricornutum   WSDVQIQHVLYTMATLDTNNKRSWCGVGEREGRVYSALVSSRHFG
M.musculus      WDESTLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR
X.tropicalis    WDESTIEIFLNELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASGMVSRRHYR

cons            *.:  :: .*  :*.:*:**  . ********** *.:*: **: 


P.tricornutum   LSHGVGRSGDIAEPQPKALGSTVLAKLTLCLVLDAVRRGSGLHPQ
M.musculus      FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKL-AGVH--
X.tropicalis    LIHGIGRSGDISAIQPKAAGSSVLNKLTNSMVLDIIRL-AGVR--

cons            : **:******:  **** **::* *:* .:**: ::  :*::  


P.tricornutum   TAAKSGILLPLCTGMSMALVLGTLRQLQDNQNIVLWSRIDQKSCF
M.musculus      -SVASCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCF
X.tropicalis    -TASSCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCF

cons             :. * :::*:.****::* : ***: : : : ::*.********


P.tricornutum   KAIQSAGLECVVVPTRLAGDAVVTDLDAFQASLLTYG-DRVLAVV
M.musculus      KSMVTAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLH
X.tropicalis    KSMITAGFEPVVIENVLEGDELRTDLDAVEAKITELGAENILCVH

cons            *:: :**:* **: . * ** : ***.*.:*.:   * :.:*.: 


P.tricornutum   TTTSCFAPRVPDQVDAVARLCAEQCVPHVINNAYGLQSSDTSKLL
M.musculus      STTACFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLI
X.tropicalis    STTSCFAPRVPDRVEELAVICKKYEIPHVVNNAYGVQSSKCMHLI

cons            :**:********::: :* :* :  :***:*****:***.  :*:


P.tricornutum   NRACAVGRVDAIVCSTDKNFMVPIGGAIVLSPDESLIQNVGKVYA
M.musculus      QQGARVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYP
X.tropicalis    QQGARVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAVIAGFSDSFVQEISKMYP

cons            ::.. ***:**:* * *******:***:: . .:.::*::.*:*.


P.tricornutum   GRASASPMLDLFITLCSMGLRGYQQLLTSRRILLPTFTERLKEVA
M.musculus      GRASASPSLDVLITLLSLGCSGYRKLLKERKEMFVYLSTQLKKLA
X.tropicalis    GRASASPSLDVLITLLSLGASGYNKLLKERKEMFVYLSSELKKLA

cons            ******* **::*** *:*  **.:**..*: ::  :: .**::*


P.tricornutum   NKYGERVLECRTNCISFGVTLDGLRTSVSRDVSSLGAMLFQRCVS
M.musculus      EAHNERLLQTPHNPISLAMTLKTIDGHHDKAVTQLGSMLFTRQVS
X.tropicalis    KELNERLLETPHNPISLALSLTSLSEQSGSAVTQLGSMLFTRQVS

cons            :  .**:*:   * **:.::*  :    .  *:.**:*** * **


P.tricornutum   GTRVVPRGTVQRMGGMEFCGFGSSHDAYPHAYLTAACAIGLTASE
M.musculus      GARAVPLGNVQTVSGHTFRGFMSHADNYPCAYLNAAAAIGMKMQD
X.tropicalis    GARVVPLGTSQTINGYVFKGFMSHSNNYPCAYLNAASAICIKKQD

cons            *:*.** *. * :.*  * ** *  : ** ***.**.** :. .:


P.tricornutum   GDDFFTRLDQTLHEFQKRQRRKPSRNIVLWSWIDQKSCFKAIQSA
M.musculus      VDLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVS-------------------
X.tropicalis    VDMFIKRLDKCLRLCKKEKHLAKDEP-------------------

cons             * *:.***: *.  :*.:                          


P.tricornutum   GLECVVVPTRLEGDAVVTDLDAFQAFLLAYGDRVLAVVTTTSCFA
M.musculus      -----------------------------GADRNKAEDADIEEMA
X.tropicalis    -----------------------------RCAQQTTED-DVAELA

cons                                            :  :       :*


P.tricornutum   PQVPDQVDA--VARLCAEQ
M.musculus      LKLDDVLGD--VGQ-GPAL
X.tropicalis    QGLGDVLQGETASELLLSG

cons              : * :    ...