T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=97
*
 BAD AVG GOOD
*
T.trahens      :  98
M.musculus     :  97
X.tropicalis   :  97
cons           :  97

T.trahens      ------ATGQRRLSPRYVRQGGVSLGGRARAVRSLLSQRQLPRQGWNE
M.musculus     MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDGWDE
X.tropicalis   MEHESFKASERLVTPAYIRQGREARRMHEQLVRQLVEQGKCPKEPWDE

cons                  :.:* ::* *:***  :   : : :* *:.* : *.: *:*


T.trahens      ASISAFLDELATMDSNNFADRAGVGEREARVFSPLVARRHFGLGHGVG
M.musculus     STLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYRFIHGIG
X.tropicalis   STIEIFLNELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASGMVSRRHYRLIHGIG

cons           :::. **.***.****** ...******.** * :*:***: : **:*


T.trahens      RSGELAAVQPKAAGSSLMYKLANALVLHALRLAGMRVAKKAIIVPTAT
M.musculus     RSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKLAGVHSVASCFVVPMAT
X.tropicalis   RSGDISAIQPKAAGSSVLNKLTNSMVLDIIRLAGVRTASSCFVVPMAT

cons           ***:::*:********:: *::*::**. ::***:: . ..::** **


T.trahens      GMALVLCLLALCESRHARRYVIWPRIDQKTAFKAILTAGLTPLVVEPR
M.musculus     GMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMVTAGFEPVVIENV
X.tropicalis   GMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEPVVIENV

cons           **:*.**:*:* ..*   :*:********:.**:::***: *:*:*  


T.trahens      KCPRGSDALVTDVDGVRAAIESVGADNVLCILSTTSCFAPRTPDKVVA
M.musculus     ---LEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLHSTTACFAPRVPDRLEE
X.tropicalis   ---LEGDELRTDLDAVEAKITELGAENILCVHSTTSCFAPRVPDRVEE

cons                .* * **:..*.* * .:*.:::**: ***:*****.**::  


T.trahens      LAELASEYGIGHVVNNAYGVQSRRCMGLLNEAARVGRLDAFVQSTDKN
M.musculus     LAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKN
X.tropicalis   LAVICKKYEIPHVVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKN

cons           ** :. :* * ********:** :** *:::.*****:****** ***


T.trahens      FMVPVGGAVVASANKAFVDAVSLLYPGRASAAPIVDLFITLLAMGEEG
M.musculus     FMVPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGCSG
X.tropicalis   FMVPVGGAVIAGFSDSFVQEISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGASG

cons           ********::*. ...*:: :* :*******:* :*::****::* .*


T.trahens      WTELLASRADVFGYAQAELAQVAERTGLRLLDVRGNDISMALSLDALS
M.musculus     YRKLLKERKEMFVYLSTQLKKLAEAHNERLLQTPHNPISLAMTLKTID
X.tropicalis   YNKLLKERKEMFVYLSSELKKLAKELNERLLETPHNPISLALSLTSLS

cons           : :** .* ::* * .::* ::*:  . ***:.  * **:*::* ::.


T.trahens      SECGGDDDAVTMLGSMLFVRSVSGARVVVPSKTKTIGPVTFAHYGSHS
M.musculus     GH---HDKAVTQLGSMLFTRQVSGARAVPLGNVQTVSGHTFRGFMSHA
X.tropicalis   EQ---SGSAVTQLGSMLFTRQVSGARVVPLGTSQTINGYVFKGFMSHS

cons            .    ..*** ******.*.*****.*  .. :*:.  .*  : **:


T.trahens      SASSEPYVNVAAAIGMTSTDIDRFVVRFEKTLAAWRKAHASP------
M.musculus     DNYPCAYLNAAAAIGMKMQDVDLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVSGA
X.tropicalis   NNYPCAYLNAASAICIKKQDVDMFIKRLDKCLRLCKKEKHLAKDEPRC

cons           .  . .*:*.*:** :.  *:* *: *::* *   :* :  .      


T.trahens      --------------------------------S
M.musculus     DRNKAEDADIEEMALKLDDVLG-DVG--QGPAL
X.tropicalis   AQQTTED-DVAELAQGLGDVLQGETASELLLSG

cons