T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
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SCORE=97
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 BAD AVG GOOD
*
A.taiwanensis   :  97
M.musculus      :  97
X.tropicalis    :  97
cons            :  97

A.taiwanensis   -----------------------------------LHQRRVPDEP
M.musculus      MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDG
X.tropicalis    MEHESFKASERLVTPAYIRQGREARRMHEQLVRQLVEQGKCPKEP

cons                                               :.* : *.: 


A.taiwanensis   WDELSITLLLQELAGMDMNNACRVAGAGEREGRIFSPLVYRRHFG
M.musculus      WDESTLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR
X.tropicalis    WDESTIEIFLNELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASGMVSRRHYR

cons            *** :: ::*:*** ** **    .*.******: * :* ***: 


A.taiwanensis   MSHGIGRSGDIMALQPKAAGSSLINILSQYLVLDIIREAGIKSAA
M.musculus      FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKLAGVHSVA
X.tropicalis    LIHGIGRSGDISAIQPKAAGSSVLNKLTNSMVLDIIRLAGVRTAS

cons            : ********* *:********::* ::: :**::*: **:::.:


A.taiwanensis   GCLVLPMATGMTLHFCLSQF-H---QGSDILWSRIDQKSCFKAML
M.musculus      SCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMV
X.tropicalis    SCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMI

cons            .*:*:******:* :*:  : *   :.. *:*.*********:*:


A.taiwanensis   LTGAKPKIMPVKQNGDALQTDVDAIRNALIAGGKDNIRCVITTTS
M.musculus      TAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLHSTTA
X.tropicalis    TAGFEPVVIENVLEGDELRTDLDAVEAKITELGAENILCVHSTTS

cons             :* :* ::    :** *:**:.*:.  :   * ::* *: :**:


A.taiwanensis   TFAPREPDDVVAVAKL-----------------------------
M.musculus      CFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLIQQGA
X.tropicalis    CFAPRVPDRVEELAVICKKYEIPHVVNNAYGVQSSKCMHLIQQGA

cons             **** ** :  :* :                             


A.taiwanensis   ---------------------------------------------
M.musculus      RVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYPGRAS
X.tropicalis    RVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAVIAGFSDSFVQEISKMYPGRAS

cons                                                         


A.taiwanensis   ---------------------------------------------
M.musculus      ASPSLDVLITLLSLGCSGYRKLLKERKEMFVYLSTQLKKLAEAHN
X.tropicalis    ASPSLDVLITLLSLGASGYNKLLKERKEMFVYLSSELKKLAKELN

cons                                                         


A.taiwanensis   ---------------------------------------------
M.musculus      ERLLQTPHNPISLAMTLKTIDGHHDKAVTQLGSMLFTRQVSGARA
X.tropicalis    ERLLETPHNPISLALSLTSLSEQSGSAVTQLGSMLFTRQVSGARV

cons                                                         


A.taiwanensis   ---------------------------------------------
M.musculus      VPLGNVQTVSGHTFRGFMSHADNYPCAYLNAAAAIGMKMQDVDLF
X.tropicalis    VPLGTSQTINGYVFKGFMSHSNNYPCAYLNAASAICIKKQDVDMF

cons                                                         


A.taiwanensis   ---------------------------------------------
M.musculus      IKRLDKCLNIVRKEQTRASVVSGADRNKAEDADIEEMALKLDDVL
X.tropicalis    IKRLDKCLRLCKKEKHLAKDEPRCAQQTTED-DVAELAQGLGDVL

cons                                                         


A.taiwanensis   -----------C
M.musculus      G-DVGQG--PAL
X.tropicalis    QGETASELLLSG

cons